当前解析结果
SmilChr04G002343| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002343 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002343 |
| 描述 | SUMO-conjugating enzyme SCE1 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 37791232 - 37795242 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131021480 |
|---|---|
| GeneID | 131021480 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131021480 |
| 原始查询 | LOC131021480 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | SUMO-conjugating enzyme SCE1 |
| 产物 | SUMO-conjugating enzyme SCE1 |
| Arabidopsis | AT3G57870 (SCE1)sumo conjugation enzyme 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824956] identity=88.8; qcov=1; evalue=9.11e-108; confidence=high |
| Rice | Os03g0123100 (OsSce2)- identity=90.6; qcov=1; evalue=3.09e-112; confidence=high |
| GO | GO:0005634 (nucleus); GO:0016925 (protein sumoylation); GO:0061656 (SUMO conjugating enzyme activity) |
| KEGG | smil03013 (Nucleocytoplasmic transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04120 (Ubiquitin mediated proteolysis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00179 (UQ_con) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131021480 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057806661.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057806661.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057806661.1 |
| 4 | Nucleoplasm | 核质 | 0.80000 | XP_057806662.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057806661.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:37794760 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B28,C29 |
Chr4:37794760 |
A |
AT |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | B28,C29 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057806661.1PF00179
UQ_con 9-139 aa
XP_057806662.1PF00179
UQ_con 9-152 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057806661.1 |
Pfam | PF00179 |
UQ_con | Domain | 9 | 139 | 1.5e-42 | 145.2 | Ubiquitin-conjugating enzyme |
XP_057806662.1 |
Pfam | PF00179 |
UQ_con | Domain | 9 | 152 | 1.8e-46 | 157.9 | Ubiquitin-conjugating enzyme |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。