Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002357

染色体: Chr04 坐标: 38058063-38062819 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002357
名称SmilChr04G002357
描述uncharacterized SmilChr04G002357
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向38058063 - 38062819 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021495
GeneID131021495
locus_tag-
NCBI NameLOC131021495
原始查询LOC131021495

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824225]; symbol=AT3G50620; hit=AT3G50620; species=arabidopsis; confidence=high
产物P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824225]; symbol=AT3G50620; hit=AT3G50620; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G50620 (AT3G50620)
P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824225]
identity=69.2; qcov=1; evalue=1.11e-170; confidence=high
RiceOs03g0394900
-
identity=61; qcov=0.968; evalue=2.01e-149; confidence=high
GOGO:0008146 (sulfotransferase activity)
KEGG-
PfamPF00685 (Sulfotransfer_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021495

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057806687.1
2 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.20000 XP_057806687.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806687.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806687.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806687.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:38058615 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr4:38059385 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C10
Chr4:38059395 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B65,D11,D4
Chr4:38059575 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:38060654 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B20
Chr4:38060701 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr4:38060977 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,B37,B85,C50,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806687.1
344 aa
N
1
172
344
Sulfotransfer_1
C
PF00685 Sulfotransfer_1 102-302 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806687.1 Pfam PF00685 Sulfotransfer_1 Domain 102 302 2.2e-05 24.7 Sulfotransferase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950704.1
AATTCTTGCCTAACGCGTTGTGGACCAAAACATAAGTCATAACAAAGATTTGAAAGAAAACATCAAAGGCGTCGTCAGCTTTACCCATTTGCACGCCTGAAATCTCACGTAGCACTGCTGTATTTTAATGGAATTATTTGCACATTGCAAAATAAATTAAATTCTCTCCAACCCGTTGTACCCACACAGACACACACTCTTTGTGCAAGATTCGACGCTGTAATAAGAATTTGGTGTAAAATACGGAGAAGAAGAAGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021495
ATGGCCGAAGAAATCTGTCTTTTCACAAAGGACTCCATAATCATAAAACCTCCCAAGAAATCTCCTGCTCCGTTGAGGATGCTAGTTTTAGTATTTGCTATGGCCTGTGGTATTTATATCTGTTCAGTCTGTTTAAAACAAACTAGTATTCATACAAGAACTAAGTTCCACCACATCGAAGTTAGTCAGAGGCATTGTCATGATAACGCCATCGATAGGTCTCAAACTCCGTTCTTGCACTACCCGGTGCCCATTTCATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806687.1
MAEEICLFTKDSIIIKPPKKSPAPLRMLVLVFAMACGIYICSVCLKQTSIHTRTKFHHIEVSQRHCHDNAIDRSQTPFLHYPVPISFSRAECASNPVRLFAILSMQRSGSGWFETLLNNHTNVSSNGEIFSVKERRSNASSIMSTLDRVYNLDLFTSASKNECSAAVGFKWMLNQGLMEYHKEIADYFNNRGVSVIFLFRRNLLRRMVSVLANSYDRYAKLLNGTHKSHVHSHEEAEALSKYKPEINATSLMKDLKVMEK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器