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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002373

染色体: Chr04 坐标: 38237724-38245084 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002373
名称SmilChr04G002373
描述peroxidase 64-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向38237724 - 38245084 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021507
GeneID131021507
locus_tag-
NCBI NameLOC131021507
原始查询LOC131021507

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述peroxidase 64-like
产物peroxidase 64-like
ArabidopsisAT5G42180 (PER64)
Peroxidase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834223]
identity=58.8; qcov=1; evalue=2.35e-134; confidence=high
RiceOs02g0833900 (prx32)
-
identity=52; qcov=1.01; evalue=3.89e-110; confidence=high
GOGO:0004601 (peroxidase activity); GO:0006979 (response to oxidative stress); GO:0009505 (plant-type cell wall); GO:0009506 (plasmodesma); GO:0020037 (heme binding); GO:0042744 (hydrogen peroxide catabolic process)
KEGGsmil00940 (Phenylpropanoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00141 (peroxidase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021507

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.60000 XP_057806705.1
2 Cell wall 细胞壁 0.40000 XP_057806705.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806705.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806705.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806705.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:38238356 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr4:38244635 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806705.1
313 aa
N
1
156
313
peroxidase
C
PF00141 peroxidase 36-280 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806705.1 Pfam PF00141 peroxidase Domain 36 280 3.4e-79 266.7 Peroxidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950722.1
ATCAATGAATTAATTTTGCTTCGAAATCACGACTTGATGATGAAAATGCATGCTATGCTAATCCTGTCGAATTCAATGACAGATTATAAATCCCTCAATCATGCATCATTAGGGTTTCTGGATCCCCATGATATAAATACTACAAGTCCATGATATAACTTAATATAAAGAAGAGAGGTCGAAAATGATGGGGTTAATTAGGTTAGTAATTGTAGCATATAGTATTTGGATGGGAATGGGTCTGAGCATGAATAAGTACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021507
ATGATGGGGTTAATTAGGTTAGTAATTGTAGCATATAGTATTTGGATGGGAATGGGTCTGAGCATGAATAAGTACGATGTAACATGTCCCAACGTTGAGTCCATTGTTGCCAAGGTTGTAAGAAACGCAACGTCGAGAGACAAAACAGTGCCTGCAACACTTCTCAGAATGCACTTTCATGATTGTTTTATAAGGGGATGTGATGGTTCCATATTGCTGGAATCTGGAGGTGGGAATAAAGCAGAAAGAGATGCGCCGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806705.1
MMGLIRLVIVAYSIWMGMGLSMNKYDVTCPNVESIVAKVVRNATSRDKTVPATLLRMHFHDCFIRGCDGSILLESGGGNKAERDAPPNRSLHAFYVIEAAKRAVEAACPALVSCADILAFAARDAVVLSGGPRWEVPKGRKDGRTSKSSETSSLPSPLFNASQLAKAFALRGLSLQDAVALIGAHTLGFAHCSSFEKRIRSFNSTHDVDPTLRPSYAAALRGACPLKNKAPNAGVAMDPSSTTFDINHYRLIINRQALFA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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