Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001879`

染色体: Chr01 坐标: 33816167-33819804 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001879`
名称	SmilChr01G001879
描述	bifunctional nitrilase/nitrile hydratase NIT4A
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	33816167 - 33819804 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021509`
GeneID	`131021509`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021509`
原始查询	`LOC131021509`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	bifunctional nitrilase/nitrile hydratase NIT4A
产物	bifunctional nitrilase/nitrile hydratase NIT4A
Arabidopsis	`AT5G22300` (NIT4) nitrilase 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832290] identity=78.2; qcov=0.892; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0635200` (NIT1) - identity=80.8; qcov=0.918; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000257 (nitrilase activity); GO:0006807 (GO:0006807); GO:0018822 (nitrile hydratase activity); GO:0051410 (detoxification of nitrogen compound)
KEGG	smil00460 (Cyanoamino acid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00795 (CN_hydrolase)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021509

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057806712.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057806712.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057806712.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806712.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806712.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:33816432`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B139
`Chr1:33816525`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C35
`Chr1:33818318`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A24,B84,C30
`Chr1:33818333`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A24,B84,C30
`Chr1:33819455`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B102

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806712.1

380 aa

190

380

CN_hydrolase

PF00795 CN_hydrolase 63-341 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806712.1`	Pfam	`PF00795`	CN_hydrolase	Family	63	341	2.6e-68	230.9	Carbon-nitrogen hydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950729.1
CAATCTTCCGACCCTTACCCATTTGAAGAAAATTTTATGATCCACCACTTTCAAGAAATCTCTGGACTAAAAACAAAAATGGAAAGAACGTAATTATTTTTTAAATTAATGATCGAAATTTTCTTACAGAGTCGTCGCCATTTCACATGAGCTCAGTGTCCACGTCATCATCGGTTGCTCCGAACAGTCAAATTCTGAATAGAAATTCAGGGGTGGAAGAAGCAGTAGCTGAGAAGCTGAGAGACATGGCTCTGGTTCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021509
ATGAGCTCAGTGTCCACGTCATCATCGGTTGCTCCGAACAGTCAAATTCTGAATAGAAATTCAGGGGTGGAAGAAGCAGTAGCTGAGAAGCTGAGAGACATGGCTCTGGTTCCTAATCCTGCTGTTGACGAGGGCCCTTTGTTTGCCGAGGTGGACATGGGGGCCGACGCCTCCGCCCCCACCGTCCGCGCCACCGTCGTCCAGGCGGCCACCGTCTTCTACGACACCCCTGCCACTCTTGATAAAGCTGAAAGGCTGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806712.1
MSSVSTSSSVAPNSQILNRNSGVEEAVAEKLRDMALVPNPAVDEGPLFAEVDMGADASAPTVRATVVQAATVFYDTPATLDKAERLLAEAASYGSQLVVFPEAFIGGYPRGSTFGVSIGNRTAKGKEEFRRYHAAAIDVPGPEVERLAAMAAKYKVHLVMGAIERDGYTLYCTVLFFDPQGHFLGKHRKVMPTALERIIWGFGDGSTIPVFDTPIGKIGAAICWENRMPLLRTAMYAKGVEIYCAPTADSRDVWQASMTH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器