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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002407`

染色体: Chr04 坐标: 38637944-38640191 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002407`
名称	SmilChr04G002407
描述	uncharacterized SmilChr04G002407
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	38637944 - 38640191 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021536`
GeneID	`131021536`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021536`
原始查询	`LOC131021536`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcriptional regulator of RNA polII, SAGA, subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829532]; symbol=AT4G33890; hit=AT4G33890; species=arabidopsis; confidence=high
产物	transcriptional regulator of RNA polII, SAGA, subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829532]; symbol=AT4G33890; hit=AT4G33890; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT4G33890` (AT4G33890) transcriptional regulator of RNA polII, SAGA, subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829532] identity=48.2; qcov=1.01; evalue=2.35e-89; confidence=high
Rice	`Os03g0762700` - identity=34.3; qcov=0.975; evalue=1.4e-51; confidence=low
GO	GO:0000124 (SAGA complex); GO:0003713 (transcription coactivator activity); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II)
KEGG	-
Pfam	PF12767 (SAGA-Tad1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021536

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057806754.1`
2	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057806754.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806754.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057806754.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057806754.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:38638313`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100
`Chr4:38638416`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B20,B41
`Chr4:38638538`	`GTT`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B6
`Chr4:38638538`	`GTT`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B6
`Chr4:38638627`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B109,B33
`Chr4:38638692`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B83,C21,C29,C59
`Chr4:38638777`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C44
`Chr4:38638855`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A7,B55,C23
`Chr4:38638959`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C79
`Chr4:38639265`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B125,B90,B92,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806754.1

353 aa

176

353

SAGA-Tad1

PF12767 SAGA-Tad1 7-277 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806754.1`	Pfam	`PF12767`	SAGA-Tad1	Family	7	277	1.6e-52	179.4	Transcriptional regulator of RNA polII, SAGA, subunit

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950771.1
GGTAGCCAAAGATGTGTGACCTCTACTTTTTCACCCTAGTCGGAGAATTTTGGTCCGAACTCCTCAATCATTGGATGCCCAAAGCCCACATTTTTACATGAATAACGAAGTTTATAAATGTCGCCTCTCTTTTTCTCGCCTCCAGCTATTTCAGAAAGCACACGTGCCCTTTGACTCTTCTTTGACTTTGAGGTGAAGAAGCTTCCAACTTCCAACTCCCCCCCCCATCTCCCCTAATTCTCTCTCTCACACACGCCCTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021536
ATGCCCGGGGACCGGCATTGTCGTCGTATTGATACTATTGAGCTGAAACTTCAGATTGAAATGAGGCTTGGTCGACAAAAAACTGAGCAGTATTTCAATCTCTTGAATAGGTACTTGAGTCTCAAGATTAGTAAATCAGATTTTGATAAGCTCTGTATCAACTTATTGGGGAGAGAGAGTGTTACTCTCCATAATAGACTTATTCGAGCCATAATTAGAAATGCTCATCTTTCAAAGTCCCCTCCACCCAAGTGTGGAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806754.1
MPGDRHCRRIDTIELKLQIEMRLGRQKTEQYFNLLNRYLSLKISKSDFDKLCINLLGRESVTLHNRLIRAIIRNAHLSKSPPPKCGKGKASLNVKVPNKYQWFGRDSVHESPTNGRIPTPWDCKSKDRTSPLGPYGKPHSVPSEDSLLKVQEQHSATELLSLGSRPPVEVTSVEEGEEIEQLAGSPGTHSRSPLSAPFGVSLNKKGTREMLSHGSSQSVGVETCYNNGELPDTSSLRKRLKQALEMEGLNVSTDSANLLN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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