Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002429`

染色体: Chr04 坐标: 38920395-38921213 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002429`
名称	SmilChr04G002429
描述	60S ribosomal protein L26-1
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	38920395 - 38921213 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021552`
GeneID	`131021552`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021552`
原始查询	`LOC131021552`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	60S ribosomal protein L26-1
产物	60S ribosomal protein L26-1
Arabidopsis	`AT3G49910` (AT3G49910) Translation protein SH3-like family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824153] identity=89; qcov=1; evalue=2.22e-94; confidence=high
Rice	`Os12g0150100` - identity=79; qcov=1.04; evalue=5.6e-82; confidence=high
GO	GO:0002181 (cytoplasmic translation); GO:0003723 (RNA binding); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0022625 (cytosolic large ribosomal subunit); GO:0042273 (ribosomal large subunit biogenesis)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00467 (KOW); PF16906 (Ribosomal_L26)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021552

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057806770.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057806770.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057806770.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806770.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806770.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:38920561`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B132,B5,B71,C62
`Chr4:38920590`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B115
`Chr4:38920590`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B115
`Chr4:38920615`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B28,B33,C56
`Chr4:38920618`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B105,C6,C77
`Chr4:38920663`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B131,C17,C21,C79
`Chr4:38920772`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	218	A1,A11,A13,A14,A16,A19,A20,A21,A22,A23,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B122,B123,B124,B126,B128,B129,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B19,B2,B20,B21,B22,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B31,B34,B35,B36,B37,B38,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B49,B51,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B59,B60,B61,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B70,B71,B72,B74,B75,B76,B77,B78,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C16,C17,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C43,C45,C47,C48,C49,C5,C50,C51,C53,C54,C55,C57,C58,C59,C6,C60,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C72,C73,C74,C75,C78,C79,C8,C81,C82,C83,C84,C85,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D6,D7,D8,D9
`Chr4:38920836`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B109,B130
`Chr4:38920836`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B109,B130
`Chr4:38920840`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B80
`Chr4:38920868`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B57,C82,C83
`Chr4:38920924`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B109

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806770.1

146 aa

146

Ribosomal_L26

KOW

PF16906 Ribosomal_L26 8-121 aa PF00467 KOW 51-82 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806770.1`	Pfam	`PF16906`	Ribosomal_L26	Family	8	121	1.1e-38	132.2	Ribosomal proteins L26 eukaryotic, L24P archaeal
`XP_057806770.1`	Pfam	`PF00467`	KOW	Family	51	82	2.8e-09	37.1	KOW motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950787.1
TATGAAAACAATTACTCAAAAGAGGCGTAGTCCACAATCACAAAATATAAAGCCCTAAATCAAACTCCAAAGCCCAAACCAAACCCTGATTCCTCGAAACGACGCCGTCAGGAAATCCTAGATATATATAGTCCCAAACCCTAAGCTTCTGAGCCTCCACTCTCCCCACCACCCCAAATCACCGATCACAGCGGCGGAGACAGAAAGAGAAGATGAAGTACAATCCGCGCGTCTCGTCCTCCCGGCGCAAGAGCCGCAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021552
ATGAAGTACAATCCGCGCGTCTCGTCCTCCCGGCGCAAGAGCCGCAAGGCTCACTTCACGGCGCCGTCGAGCGTCCGCCGCGTCATCATGAGCGCGCCGCTCTCCGGCGACCTCCGGTCCAAGTACAACGTGCGGTCGATGCCGGTGCGCAAGGACGACGAGGTGCAGGTGGTGCGCGGGACCTACAAGGGGCGCGAGGGCAAGGTTGTCCAGGTCTACCGCAAGAAATGGGTAATCCACATCGAGCGCATCACCCGCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806770.1
MKYNPRVSSSRRKSRKAHFTAPSSVRRVIMSAPLSGDLRSKYNVRSMPVRKDDEVQVVRGTYKGREGKVVQVYRKKWVIHIERITREKVNGSTVNVGIHPSKVVITKLRLDKDRKSLLDRKAKGRAAADKEKGTKFTSEDIMQTID

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器