当前解析结果
SmilChr04G002444| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002444 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002444 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G002444 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 39156815 - 39157807 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131021570 |
|---|---|
| GeneID | 131021570 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131021570 |
| 原始查询 | LOC131021570 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | VQ motif-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816819]; symbol=AT2G22880; hit=AT2G22880; species=arabidopsis; confidence=low |
| 产物 | VQ motif-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816819]; symbol=AT2G22880; hit=AT2G22880; species=arabidopsis; confidence=low |
| Arabidopsis | AT2G22880 (AT2G22880)VQ motif-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816819] identity=36.1; qcov=0.747; evalue=1.2e-13; confidence=low |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05678 (VQ) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131021570 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057806803.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057806803.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057806803.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057806803.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057806803.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:39157256 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B59,C81 |
Chr4:39157288 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B105,C6 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057806803.1PF05678
VQ 73-96 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057806803.1 |
Pfam | PF05678 |
VQ | Motif | 73 | 96 | 2.4e-08 | 34.0 | VQ motif |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。