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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002445

染色体: Chr04 坐标: 39160593-39163801 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002445
名称SmilChr04G002445
描述60S ribosomal protein L23A-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向39160593 - 39163801 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021571
GeneID131021571
locus_tag-
NCBI NameLOC131021571
原始查询LOC131021571

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述60S ribosomal protein L23A-like
产物60S ribosomal protein L23A-like
ArabidopsisAT2G39460 (RPL23AA)
ribosomal protein L23AA [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818531]
identity=53.9; qcov=0.428; evalue=2.64e-24; confidence=low
RiceOs04g0501000
-
identity=46.5; qcov=0.523; evalue=4.14e-21; confidence=medium
GOGO:0000027 (ribosomal large subunit assembly); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation); GO:0022625 (cytosolic large ribosomal subunit)
KEGGsmil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00276 (Ribosomal_L23)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021571

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057806804.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.60000 XP_057806804.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806804.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806804.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806804.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:39160928 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B52
Chr4:39161137 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B120,B62,C72
Chr4:39161156 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr4:39161278 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:39163037 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B104
Chr4:39163037 C CT 1bp_insertion CDS_variant 1 B104
Chr4:39163103 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,B48,B58,B60
Chr4:39163146 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B115,B78,C2,C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806804.1
243 aa
N
1
122
243
Ribosomal_L23
C
PF00276 Ribosomal_L23 163-234 aa
XP_057806805.1
243 aa
N
1
122
243
Ribosomal_L23
C
PF00276 Ribosomal_L23 163-234 aa
XP_057806806.1
243 aa
N
1
122
243
Ribosomal_L23
C
PF00276 Ribosomal_L23 163-234 aa
XP_057806807.1
243 aa
N
1
122
243
Ribosomal_L23
C
PF00276 Ribosomal_L23 163-234 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806804.1 Pfam PF00276 Ribosomal_L23 Family 163 234 1.6e-11 45.2 Ribosomal protein L23
XP_057806805.1 Pfam PF00276 Ribosomal_L23 Family 163 234 1.6e-11 45.2 Ribosomal protein L23
XP_057806806.1 Pfam PF00276 Ribosomal_L23 Family 163 234 1.6e-11 45.2 Ribosomal protein L23
XP_057806807.1 Pfam PF00276 Ribosomal_L23 Family 163 234 1.6e-11 45.2 Ribosomal protein L23

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950824.1
TTAAGGCCGGCCCAATCCTCTTATTCTTCTTTTCTCCCTCATCATCTACTACTGTCTGCAACCTCTCCTTCTCTTTCTTCTTTCAGTTCCTGCCATCTTCTAATTCTTCTTCTCAAACACTTCCTCTTCGACCACCGCCGACAAGTATTAAGAAGAGTTGAGATACAGCAGCAAAATTTTGGGTGGAAAATATCTCATGAGTCTTCAAATGATCGTCTCTTCAGTGGCTCCGCCGGCAGCTGTCGGTTCTGGAATTTGCT...
XM_057950821.1
AAGGCCGGCCCAATCCTCTTATTCTTCTTTTCTCCCTCATCATCTACTACTGTCTGCAACCTCTCCTTCTCTTTCTTCTTTCAGTTCCTGCCATCTTCTAATTCTTCTTCTCAAACACTTCCTCTTCGACCACCGCCGAGTACGCCCTTCTCTCTCTGCTCTTAACTAAGTTATTTATCGACAACCCGGTTTAATATGCTCCAAAGGATCTCATGAGTCTTCAAATGATCGTCTCTTCAGTGGCTCCGCCGGCAGCTGTC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131021571
ATGAGTCTTCAAATGATCGTCTCTTCAGTGGCTCCGCCGGCAGCTGTCGGTTCTGGAATTTGCTTCCGGCGGTCCAGTGCGTCGTATAGCTTGAGGTTTGCCGCCGGCGGTCTCACTTCAGCTTCCAAAGAGCTCTCTTCTTTGTCCTCCACCTTTTTTCCCGTCAAAAAGGATGTGGTTGGCAGCTTCAAAGCGTTTGAGATCAAACTTAAAGATAGAGTTTCCGTGCATGCTGTGTCCACAAAGGCTGAGAATTACTT...
LOC131021571
ATGAGTCTTCAAATGATCGTCTCTTCAGTGGCTCCGCCGGCAGCTGTCGGTTCTGGAATTTGCTTCCGGCGGTCCAGTGCGTCGTATAGCTTGAGGTTTGCCGCCGGCGGTCTCACTTCAGCTTCCAAAGAGCTCTCTTCTTTGTCCTCCACCTTTTTTCCCGTCAAAAAGGATGTGGTTGGCAGCTTCAAAGCGTTTGAGATCAAACTTAAAGATAGAGTTTCCGTGCATGCTGTGTCCACAAAGGCTGAGAATTACTT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057806804.1
MSLQMIVSSVAPPAAVGSGICFRRSSASYSLRFAAGGLTSASKELSSLSSTFFPVKKDVVGSFKAFEIKLKDRVSVHAVSTKAENYFEPDPVKQDFMSTDALTLKFEDAVFLEPAPSSVAKKSKKEGPVSSSASAAKYSKRGKNPKQLSTSAALIKTPDHFQIFRYPLGTESAIKAMLECNTLVFVVDKRADKKNIKEAAINMFKIRVKKVNTSITPAGTKKAYIMLPPDCKAADVAKRIKIL
XP_057806805.1
MSLQMIVSSVAPPAAVGSGICFRRSSASYSLRFAAGGLTSASKELSSLSSTFFPVKKDVVGSFKAFEIKLKDRVSVHAVSTKAENYFEPDPVKQDFMSTDALTLKFEDAVFLEPAPSSVAKKSKKEGPVSSSASAAKYSKRGKNPKQLSTSAALIKTPDHFQIFRYPLGTESAIKAMLECNTLVFVVDKRADKKNIKEAAINMFKIRVKKVNTSITPAGTKKAYIMLPPDCKAADVAKRIKIL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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