Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002466`

染色体: Chr04 坐标: 39487875-39498206 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002466`
名称	SmilChr04G002466
描述	uncharacterized SmilChr04G002466
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	39487875 - 39498206 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021596`
GeneID	`131021596`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021596`
原始查询	`LOC131021596`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828584]; symbol=AT4G24810; hit=AT4G24810; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828584]; symbol=AT4G24810; hit=AT4G24810; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT4G24810` (AT4G24810) Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828584] identity=74.3; qcov=0.981; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0904200` (P0551C06.44-1) - identity=65.3; qcov=0.96; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF03109 (ABC1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021596

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast membrane	叶绿体膜	1.00000	`XP_057806842.1`
2	Chloroplast	叶绿体	0.80000	`XP_057806842.1`
3	Mitochondrion	线粒体	0.40000	`XP_057806842.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057806842.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806842.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:39489292`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B117,C14
`Chr4:39490286`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B117,C14
`Chr4:39490469`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B117
`Chr4:39494199`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B95,D6
`Chr4:39494240`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B125
`Chr4:39494558`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B59,C81
`Chr4:39495950`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806842.1

480 aa

240

480

ABC1

PF03109 ABC1 103-354 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806842.1`	Pfam	`PF03109`	ABC1	Domain	103	354	5.2e-62	209.9	ABC1 atypical kinase-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950859.1
ACAATTGGTGTGTCGTCTTGCAAAACAAAGAGACAGACAGATACTTGAATTCATTCATTCTAAACCTCTCTCTGCCTGCATGCGAGTGTCAGCAACTCGCAACCTGATGTAATAATTCCCACGCCACATAAAACACATCATTATACCTCCGAAATAAATACGAGGAGAGCCCAAAACCAAAAATACTCATATCACTATGCTTCCTCTTGATTTTAACGAATTTCAACAAAAGGTTTCCACTCAGTTGAGACCGTGGCAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021596
ATGCTTCCTCTTGATTTTAACGAATTTCAACAAAAGGTTTCCACTCAGTTGAGACCGTGGCAGCGCTCATTTCAATTCTGGGTTCGAGCTGTTGATATCTATACTGGTTACAAGGTGTTTCAAGTGCGAGTTAATTTTGAGAGAGATGTGGATAAGAGGGAGGCAATGTGGGAGAATCAGCACCAACTTGCTGCTGATAAGATATACAACATGTGTGCTGATCTCGGCGGCTTTTTTCTCAAGGTGGCACAAATTATTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806842.1
MLPLDFNEFQQKVSTQLRPWQRSFQFWVRAVDIYTGYKVFQVRVNFERDVDKREAMWENQHQLAADKIYNMCADLGGFFLKVAQIIGKPDLAPAAWVRRLVTLCDQAPATPYNVVKVVMEKELGRNIDELFERFDVDPLGSASIAQVHRARLKGDKTDVVVKVQHPGVQDLMMTDIRNLQAFALYMQKTDIRFDLYSVTKEMEKQIGYEFNFLREAGAMEKIRRFLYENNKKSPVSVPRLIGNMNTRRVLVMEYIDGIPI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器