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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002477`

染色体: Chr04 坐标: 39610676-39612815 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002477`
名称	SmilChr04G002477
描述	malate synthase, glyoxysomal-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	39610676 - 39612815 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021608`
GeneID	`131021608`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021608`
原始查询	`LOC131021608`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	malate synthase, glyoxysomal-like
产物	malate synthase%2C glyoxysomal-like
Arabidopsis	`AT5G03860` (MLS) malate synthase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831690] identity=81.8; qcov=0.979; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0486950` (MS) - identity=74.4; qcov=0.973; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004474 (malate synthase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006097 (glyoxylate cycle)
KEGG	smil00620 (Pyruvate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00630 (Glyoxylate and dicarboxylate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01200 (Carbon metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01274 (MS_TIM-barrel); PF20656 (MS_N); PF20659 (MS_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021608

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057806848.1`
2	Peroxisome	过氧化物酶体	0.60000	`XP_057806848.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057806848.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057806848.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806848.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:39611083`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C45
`Chr4:39611130`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A23,A8,B134,C63,C87
`Chr4:39611320`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:39611890`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:39612004`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B76
`Chr4:39612004`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B76
`Chr4:39612029`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B64
`Chr4:39612069`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B53,B85,C36,C38
`Chr4:39612180`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B40
`Chr4:39612559`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806848.1

566 aa

283

566

MS_N

MS_TIM-barrel

MS_C

PF20656 MS_N 23-85 aa PF01274 MS_TIM-barrel 177-428 aa PF20659 MS_C 433-555 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806848.1`	Pfam	`PF20656`	MS_N	Domain	23	85	3.3e-20	72.1	Malate synthase, N-terminal domain
`XP_057806848.1`	Pfam	`PF01274`	MS_TIM-barrel	Domain	177	428	1.1e-116	388.9	Malate synthase, TIM barrel domain
`XP_057806848.1`	Pfam	`PF20659`	MS_C	Domain	433	555	1.5e-44	151.9	Malate synthase, C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950865.1
ATTCCATTCCCAAGCTGACAAATATCCGATTGATTACGCAATTCAATTTCAAGCATATCCCTTTGCCGCCCCTTCCTTTTATATAAGGCTCTCTTCCTCCCACCCTCTCCATATAATCAAATTCTTCTAGTTAGCTGAAAAATGGTGGGTTTTGGAAAGCTCGTTGAAGGAGAAACAAGGAAAAGCATTGTGGGGTACGATGTGGCGGAGGGTGTGGACATAAGGGGAAGATACGACGCCGAATTTGCGACTATTCTGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021608
ATGGTGGGTTTTGGAAAGCTCGTTGAAGGAGAAACAAGGAAAAGCATTGTGGGGTACGATGTGGCGGAGGGTGTGGACATAAGGGGAAGATACGACGCCGAATTTGCGACTATTCTGACCAAGGATGCCCTTGAGTTTGTGGCGACTCTGCAGAGGCAGTTGAGGAACCATATCAAGTATGCAATGGATTGCAGAAAGGAGGCTAAGCTGCGCTACAACAAGGGGGCCGTGCCGGGGTTCGACCCCGCCACCAAGCCCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806848.1
MVGFGKLVEGETRKSIVGYDVAEGVDIRGRYDAEFATILTKDALEFVATLQRQLRNHIKYAMDCRKEAKLRYNKGAVPGFDPATKPLRDADWLCASPPPAVADRRVEITGPVERKMVINALNSGAKVFMADFEDALSPNWENLMRGHINLRDAVRGTISYHDTARNRVYKLNDQTAKLFVRPRGWHLPEAHILIDGEPATACLVDFGLYFFHNWSAFRRNQGQGQGPFFYLPKMEHSREARIWNNVFTAAEKFAGIENGS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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