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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001894

染色体: Chr01 坐标: 34056963-34060942 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001894
名称SmilChr01G001894
描述uncharacterized SmilChr01G001894
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向34056963 - 34060942 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021616
GeneID131021616
locus_tag-
NCBI NameLOC131021616
原始查询LOC131021616

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021616

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057806860.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057806860.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806860.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806860.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057806860.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:34058153 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr1:34060128 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A14,B72
Chr1:34060131 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,B72,C23
Chr1:34060136 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A14,B72
Chr1:34060200 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B100,B114,B127
Chr1:34060206 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,C21
Chr1:34060218 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A14,B53
Chr1:34060252 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,B114,B127,C49
Chr1:34060285 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B100,B137,C26,C49,C79
Chr1:34060287 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B53
Chr1:34060287 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr1:34060300 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B69,C12,C56,C57,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950877.1
AAGTCAAAGACCGAAAAGTGTACTTGATGGTGATGGCTTACACTTTTCTTACACAAGTACAATTGTGTAAGAAAATGTGTAAGCTAGGTAGTTAAAAATGCACAAAACCAGATAAATGTGCAATTATTGTAAAGCCACGTGAGGTAAAATGCCCTAAATTTGAAAATAATGAAGGTAAGTTTGTGTATAATAAAACAGTAATACGACGATGTAAAAAAATTGTAATTTAAATATATTTGGAAACGAAAAAAAATTCTGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021616
ATGGCTTCTTCTTCAAACCAAGTCCCTTATTCGAGGCCCGAGACGATCAATCGTCCAACAGTTGAGATCAGTACGTACTACAATATTAAGTACCTGTCGACAGTAGCGGGGAGACTAGAGGAAATTGGCGATTTTGCACTGGAGAATACGTTCAGGCAGGGGTGCTTTGGTATGATGTTGGATTGGCAGCCGGGCCAGAAGTGCAATGCTGCATTGCACCATATTGTCTCTCGTCATCTTAAGATGACGAGAGACGATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806860.1
MASSSNQVPYSRPETINRPTVEISTYYNIKYLSTVAGRLEEIGDFALENTFRQGCFGMMLDWQPGQKCNAALHHIVSRHLKMTRDDEDDEICFYINGRKVDFTPRDFALVTGLAFGDDPFDTLAEHDLSEAQTFTRFVRGKHVSVQGLADIYFDRASRVVDPDGGFYLRVAHLLVLNAFVLGVDVRRSVALDMEAGG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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