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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002543

染色体: Chr04 坐标: 40739975-40741574 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002543
名称SmilChr04G002543
描述protein FMP32, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向40739975 - 40741574 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021663
GeneID131021663
locus_tag-
NCBI NameLOC131021663
原始查询LOC131021663

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein FMP32, mitochondrial-like
产物protein FMP32%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT2G16460 (AT2G16460)
coiled-coil 90B-like protein (DUF1640) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816144]
identity=63; qcov=0.831; evalue=4.87e-83; confidence=high
RiceOs06g0713100
-
identity=59.1; qcov=0.835; evalue=1.18e-80; confidence=high
GOGO:0005739 (mitochondrion)
KEGG-
PfamPF07798 (CCDC90-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021663

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057806895.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057806895.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.80000 XP_057806895.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806895.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806895.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:40740499 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr4:40741071 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B59,C81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806895.1
231 aa
N
1
116
231
CCDC90-like
C
PF07798 CCDC90-like 56-229 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806895.1 Pfam PF07798 CCDC90-like Family 56 229 3.4e-54 184.1 Coiled-coil domain-containing protein 90-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950912.1
ACCCCATCTACATATATATCTCGATCGCTCTCTCTCTTTCTCTCCCTTTTAGTTTTTGTAATTGTTTTGGTTTAGCCCATCTTCTTATATGTTAATTCTTGGTCGGAATTCGGCGGGCATTAATCGCATTATCATCTGAAATGGCAGCCGCATACTGCAGGCGGGCTCTGCTAATGGCCCCCCGCTTGCATGGCGCCAACCGGGTCGGATTCGGATTCAGAGTATCCGCATCCAGAACCTTCTCCGATCACGTCTCCCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021663
ATGGCAGCCGCATACTGCAGGCGGGCTCTGCTAATGGCCCCCCGCTTGCATGGCGCCAACCGGGTCGGATTCGGATTCAGAGTATCCGCATCCAGAACCTTCTCCGATCACGTCTCCCGACCCTCCTGCGATCTCGTTAGACCCGACTGCAGACGCCTCATCCTCGTCGACACTTTGGCTCTCGTGAGGAGATTGGAGGCGAACGGGTTGCCGACGAAGCAAGCGGAGGCGATCACGGAGGCGTTGAAGGAAGTTCAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806895.1
MAAAYCRRALLMAPRLHGANRVGFGFRVSASRTFSDHVSRPSCDLVRPDCRRLILVDTLALVRRLEANGLPTKQAEAITEALKEVQNDSYDNVSHNFASKVDMEKSVMMLESNSSKFETEVKSSVIHHVSLLQQENEKLKSDIEKIRSELRYEVDKVTAGLRLDLNLEKGRIRDELNHHHQETINLNSKIDRETHGLRALIEALKYELIKYCVGTFASIAAVGLALLRVFL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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