当前解析结果
SmilChr04G002548| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002548 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002548 |
| 描述 | protein CHAPERONE-LIKE PROTEIN OF POR1, chloroplastic |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 40765856 - 40769360 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131021666 |
|---|---|
| GeneID | 131021666 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131021666 |
| 原始查询 | LOC131021666 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein CHAPERONE-LIKE PROTEIN OF POR1, chloroplastic |
| 产物 | protein CHAPERONE-LIKE PROTEIN OF POR1%2C chloroplastic |
| Arabidopsis | AT3G51140 (AT3G51140)DnaJ (DUF3353) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824278] identity=59.9; qcov=1.01; evalue=1.21e-113; confidence=high |
| Rice | Os03g0255200- identity=61.7; qcov=0.804; evalue=4.12e-92; confidence=high |
| GO | GO:0031969 (chloroplast membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF11833 (CPP1-like) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131021666 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057806901.1 |
| 2 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 1.00000 | XP_057806901.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057806901.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057806901.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057806901.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:40767131 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B22 |
Chr4:40767158 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B59,C81 |
Chr4:40768473 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B104,B91,C21,C29 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057806901.1PF11833
CPP1-like 98-275 aa
XP_057806902.1PF11833
CPP1-like 98-275 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057806901.1 |
Pfam | PF11833 |
CPP1-like | Family | 98 | 275 | 3.1e-54 | 184.3 | Protein CHAPERONE-LIKE PROTEIN OF POR1-like |
XP_057806902.1 |
Pfam | PF11833 |
CPP1-like | Family | 98 | 275 | 3.1e-54 | 184.3 | Protein CHAPERONE-LIKE PROTEIN OF POR1-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。