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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002555

染色体: Chr04 坐标: 40867353-40870508 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002555
名称SmilChr04G002555
描述probable mediator of RNA polymerase II transcription subunit 26c
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向40867353 - 40870508 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021670
GeneID131021670
locus_tag-
NCBI NameLOC131021670
原始查询LOC131021670

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable mediator of RNA polymerase II transcription subunit 26c
产物probable mediator of RNA polymerase II transcription subunit 26c
ArabidopsisAT5G09850 (AT5G09850)
Transcription elongation factor (TFIIS) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830845]
identity=43.2; qcov=1.02; evalue=3.76e-83; confidence=medium
RiceOs12g0165700 (OsTFIIS-like)
-
identity=48.8; qcov=0.663; evalue=6.95e-62; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus)
KEGG-
PfamPF08711 (Med26)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021670

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057806907.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806907.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806907.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057806907.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057806907.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:40867905 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr4:40868182 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr4:40868381 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:40868547 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr4:40868549 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B140,B69,B91,C29
Chr4:40868921 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:40869560 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr4:40869910 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr4:40869923 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C73
Chr4:40870143 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr4:40870186 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B91,C29

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806907.1
409 aa
N
1
204
409
Med26
C
PF08711 Med26 171-221 aa
XP_057806908.1
408 aa
N
1
204
408
Med26
C
PF08711 Med26 171-221 aa
XP_057806909.1
380 aa
N
1
190
380
Med26
C
PF08711 Med26 171-221 aa
XP_057806910.1
378 aa
N
1
189
378
Med26
C
PF08711 Med26 171-221 aa
XP_057806911.1
377 aa
N
1
188
377
Med26
C
PF08711 Med26 171-221 aa
XP_057806912.1
377 aa
N
1
188
377
Med26
C
PF08711 Med26 171-221 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806907.1 Pfam PF08711 Med26 Domain 171 221 1.9e-16 60.3 TFIIS helical bundle-like domain
XP_057806908.1 Pfam PF08711 Med26 Domain 171 221 1.9e-16 60.3 TFIIS helical bundle-like domain
XP_057806909.1 Pfam PF08711 Med26 Domain 171 221 1.7e-16 60.5 TFIIS helical bundle-like domain
XP_057806910.1 Pfam PF08711 Med26 Domain 171 221 1.7e-16 60.5 TFIIS helical bundle-like domain
XP_057806911.1 Pfam PF08711 Med26 Domain 171 221 1.7e-16 60.5 TFIIS helical bundle-like domain
XP_057806912.1 Pfam PF08711 Med26 Domain 171 221 1.7e-16 60.5 TFIIS helical bundle-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950924.1
ATTAGTTGCTTCACAGCTCACCTATACACATTTTCCCACTCAAAAAATGTTGGCTACAAATGAGAACAAAATAATAATTGGGACAAAAGAAAAACACAAAACAAAGATTTTTAACCCAGAAAATACCCTTAAGAAAAATAATTCAAGAAAAAAAAAAAACAAATAAATTTTGTCGCTTCCGTTTCTGAGAATACATCATTCTTCCTCCTCACATTCGGTGAATCCACGGGAACGAAATCTTCGATACGGCGTCGTCTCAA...
XM_057950927.1
ATTAGTTGCTTCACAGCTCACCTATACACATTTTCCCACTCAAAAAATGTTGGCTACAAATGAGAACAAAATAATAATTGGGACAAAAGAAAAACACAAAACAAAGATTTTTAACCCAGAAAATACCCTTAAGAAAAATAATTCAAGAAAAAAAAAAAACAAATAAATTTTGTCGCTTCCGTTTCTGAGAATACATCATTCTTCCTCCTCACATTCGGTGAATCCACGGGAACGAAATCTTCGATACGGCGTCGTCTCAA...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131021670
ATGGATCCCGAAGAATTTAGAGCCATTTTATCGAGATCGAGGGCCGGGATTTGGGCGCTGATTGAGGCGGCGATTACCGTTGCCGGCTCGGATTACGGCAATGAGTTGCGCCGCCGCCGGGATAAACTCGTCGAATTGCTTTACGCGCCGGAGCCGCAGGTGTGTCGGAACTGCAGCGGCGGCATCCGCCGTGACGTCGTTGATCACGAGCCCTATTTCCCGGAGAATATTTGTAATAATTATAATACTAGTGATAATAT...
LOC131021670
ATGGATCCCGAAGAATTTAGAGCCATTTTATCGAGATCGAGGGCCGGGATTTGGGCGCTGATTGAGGCGGCGATTACCGTTGCCGGCTCGGATTACGGCAATGAGTTGCGCCGCCGCCGGGATAAACTCGTCGAATTGCTTTACGCGCCGGAGCCGCAGGTGTGTCGGAACTGCAGCGGCGGCATCCGCCGTGACGTCGTTGATCACGAGCCCTATTTCCCGGAGAATATTTGTAATAATTATAATACTAGTGATAATAT...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057806907.1
MDPEEFRAILSRSRAGIWALIEAAITVAGSDYGNELRRRRDKLVELLYAPEPQVCRNCSGGIRRDVVDHEPYFPENICNNYNTSDNIDNIKYEEDDDENKNFNNNSNNNRDSNDDFTKSPLTPESNNRNLGGGEEEEDGDPYGGLFDEKAKIFSIKQQLEDLNQSEDTVMELLQNLADMDITFQALKDTDIGRHVNQLRKHSSNEVSRLVKQLVRKWKETVNEWVKVNQPQATSNLIGTDGDSPQQSIPKNQQNGHHQVP...
XP_057806908.1
MDPEEFRAILSRSRAGIWALIEAAITVAGSDYGNELRRRRDKLVELLYAPEPQVCRNCSGGIRRDVVDHEPYFPENICNNYNTSDNIDNIKYEEDDDENKNFNNNSNNNRDSNDDFTKSPLTPESNNRNLGGGEEEEDGDPYGGLFDEKAKIFSIKQQLEDLNQSEDTVMELLQNLADMDITFQALKDTDIGRHVNQLRKHSSNEVSRLVKQLVRKWKETVNEWVKVNQPQATSNLIADGDSPQQSIPKNQQNGHHQVPD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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