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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002564

染色体: Chr04 坐标: 40961969-40965465 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002564
名称SmilChr04G002564
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g19191, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向40961969 - 40965465 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021678
GeneID131021678
locus_tag-
NCBI NameLOC131021678
原始查询LOC131021678

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g19191, mitochondrial-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At4g19191%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT4G19191 (AT4G19191)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6240220]
identity=49; qcov=0.975; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0781100
-
identity=34.5; qcov=0.969; evalue=1.38e-122; confidence=low
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021678

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057806919.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806919.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806919.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806919.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057806919.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:40962669 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:40962724 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:40962734 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:40962867 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr4:40962927 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B113,C11,C69
Chr4:40963182 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,C11,C69
Chr4:40963266 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B107,B138,C28,C58
Chr4:40963278 TGC T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B14
Chr4:40963278 TGC T 2bp_deletion CDS_variant 1 B14
Chr4:40963397 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr4:40963407 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:40963448 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C15,C51

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806919.1
640 aa
N
1
320
640
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 9-35 aa PF01535 PPR 112-138 aa PF01535 PPR 214-244 aa PF01535 PPR 287-313 aa PF13041 PPR_2 315-361 aa PF01535 PPR 316-345 aa PF01535 PPR 388-413 aa PF13812 PPR_3 414-461 aa PF13041 PPR_2 415-461 aa PF01535 PPR 417-447 aa PF01535 PPR 452-478 aa PF01535 PPR 491-513 aa PF20431 E_motif 532-593 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806919.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 9 35 1.3e-51 170.0 PPR repeat
XP_057806919.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 112 138 1.3e-51 170.0 PPR repeat
XP_057806919.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 214 244 1.3e-51 170.0 PPR repeat
XP_057806919.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 287 313 1.3e-51 170.0 PPR repeat
XP_057806919.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 315 361 2.5e-60 201.1 PPR repeat family
XP_057806919.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 316 345 1.3e-51 170.0 PPR repeat
XP_057806919.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 388 413 1.3e-51 170.0 PPR repeat
XP_057806919.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 414 461 6e-26 91.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057806919.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 415 461 2.5e-60 201.1 PPR repeat family
XP_057806919.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 417 447 1.3e-51 170.0 PPR repeat
XP_057806919.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 452 478 1.3e-51 170.0 PPR repeat
XP_057806919.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 491 513 1.3e-51 170.0 PPR repeat
XP_057806919.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 532 593 5.4e-15 56.1 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950936.1
GATTTCATTTGTTAGCGGTTAAAACTAGTTGTAAATTTTTGAACTATGAAAATTTCCAGTTTGCGTGTGGGTAGATTGATTTGCGTCAATCCATACAACAAACTTTTTCATTTAAATCACATCAAGCATCTCATCTCCTCTGACTGCTATTACACACCTCAAATACTTTGAAATTCATCAAGAAAACTGGAAGCTTGCGGATGAGCTGCGTTGCGGTTGAGACATGATCATTCTGTTATCAACCGATTCAAAAACCAATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021678
ATGCTCAACCGATTTTCAGTTGCCTCATGGAATTCCTGCATAAGGCAATCAGTTTACAGTGGCGATTTTCGGAAGGCGATTCTTCTCTTCACCCAAATGAAAAATCAATCTCATTTATATCCCGACAATCTAACCTTTCCTTTCGTTGCAAAAGCATGCGCAAAACTATCAGACCTCAAACTGTCAAGGATGATCCATGCCCACATTGTTAAAACGCCCTACTGTTGGGATGTATATGTGCATACTGCACTAGTTGACAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806919.1
MLNRFSVASWNSCIRQSVYSGDFRKAILLFTQMKNQSHLYPDNLTFPFVAKACAKLSDLKLSRMIHAHIVKTPYCWDVYVHTALVDMYVKCGRLGCAQQMAGSVKCPCVVASWNALVVGFARAGVFDRVSLLFNRMRAARVVPDAVTLMGLTHLLSGMKDSMLLGGVHCFGMKCGLEKDVLVANTLIAGYAKCRDLCSAEKVFLGIALDCLSVVSWNAMIAGFAYFEEWLKAIKVYIRMLRDGFRPDASTILNLLSSMAQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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