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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002577

染色体: Chr04 坐标: 41139184-41143763 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002577
名称SmilChr04G002577
描述RNA pseudouridine synthase 3, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向41139184 - 41143763 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021691
GeneID131021691
locus_tag-
NCBI NameLOC131021691
原始查询LOC131021691

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述RNA pseudouridine synthase 3, mitochondrial
产物RNA pseudouridine synthase 3%2C mitochondrial
ArabidopsisAT1G78910 (AT1G78910)
Pseudouridine synthase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844229]
identity=66.5; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0520100
-
identity=61.9; qcov=0.955; evalue=0; confidence=high
GOGO:0001522 (pseudouridine synthesis); GO:0003723 (RNA binding); GO:0009982 (pseudouridine synthase activity)
KEGG-
PfamPF00849 (PseudoU_synth_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021691

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057806926.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806926.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806926.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806926.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057806926.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:41140303 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B27,C23
Chr4:41140554 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr4:41141363 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr4:41141855 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr4:41142023 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr4:41142268 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C3,D8
Chr4:41142306 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr4:41142331 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B82
Chr4:41142331 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B82
Chr4:41142338 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:41142534 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B138,B55,D10
Chr4:41142578 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B138,B55,C8,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806926.1
467 aa
N
1
234
467
PseudoU_synth_2
C
PF00849 PseudoU_synth_2 179-350 aa
XP_057806927.1
467 aa
N
1
234
467
PseudoU_synth_2
C
PF00849 PseudoU_synth_2 179-350 aa
XP_057806928.1
467 aa
N
1
234
467
PseudoU_synth_2
C
PF00849 PseudoU_synth_2 179-350 aa
XP_057806929.1
467 aa
N
1
234
467
PseudoU_synth_2
C
PF00849 PseudoU_synth_2 179-350 aa
XP_057806931.1
467 aa
N
1
234
467
PseudoU_synth_2
C
PF00849 PseudoU_synth_2 179-350 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806926.1 Pfam PF00849 PseudoU_synth_2 Family 179 350 7.6e-19 69.2 RNA pseudouridylate synthase
XP_057806927.1 Pfam PF00849 PseudoU_synth_2 Family 179 350 7.6e-19 69.2 RNA pseudouridylate synthase
XP_057806928.1 Pfam PF00849 PseudoU_synth_2 Family 179 350 7.6e-19 69.2 RNA pseudouridylate synthase
XP_057806929.1 Pfam PF00849 PseudoU_synth_2 Family 179 350 7.6e-19 69.2 RNA pseudouridylate synthase
XP_057806931.1 Pfam PF00849 PseudoU_synth_2 Family 179 350 7.6e-19 69.2 RNA pseudouridylate synthase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950945.1
CTCTTAAAAATACGCTTCTAACCTCTTAAACTCTTCCACCCACACTTACAATTAACGTTCTCCCCTCTTCTCCTCTCTGACCCACCCCTGCGCCACCCCGCCGCTCGCCGTCGCGCCGCCCTGGGCCACCCCGCCGTCGCCGTTGCGCCGCCCTGTGCGCTTGGAGCAGTCGCGCCACCTTAACACCTAAAGATTATGCGGAAGAAGCTCTTAAGCCGTGAAGCCTTATCAGTATTCAAGCATAAGCAACAGTCAAAGAT...
XM_057950944.1
TCTTAAAAATACGCTTCTAACCTCTTAAACTCTTCCACCCACACTTACAATTAACGTTCTCCCCTCTTCTCCTCTCTGACCCACCCCTGCGCCACCCCGCCGCTCGCCGTCGCGCCGCCCTGGGCCACCCCGCCGTCGCCGTTGCGCCGCCCTGTGCGCTTGGAGCAGTCGCGCCACCTTAACACCTAAAGGTATTGCTCTAATCTCTTTTATTTGGCTTGGGCAGTGGGTATGTATGAAGATTGGCTGAAATTGGCTTT...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131021691
ATGCGGAAGAAGCTCTTAAGCCGTGAAGCCTTATCAGTATTCAAGCATAAGCAACAGTCAAAGATCCGTCCACCACCACCTGTTTACTCCCCTGTAATTCGAGTATCAAATAACATAGTTCACTTGGGCCTCCCAAAAGAGGGTCCAAAACCACGGCAGCTGCTGTCTTTGCCCCCATTTCCAGGCCACCCTTTACCTGGGAGGAACTCAACATCGGCTGCATATGTCACTGCCATAAGCTGGCTCAGATATTACTTCAA...
LOC131021691
ATGCGGAAGAAGCTCTTAAGCCGTGAAGCCTTATCAGTATTCAAGCATAAGCAACAGTCAAAGATCCGTCCACCACCACCTGTTTACTCCCCTGTAATTCGAGTATCAAATAACATAGTTCACTTGGGCCTCCCAAAAGAGGGTCCAAAACCACGGCAGCTGCTGTCTTTGCCCCCATTTCCAGGCCACCCTTTACCTGGGAGGAACTCAACATCGGCTGCATATGTCACTGCCATAAGCTGGCTCAGATATTACTTCAA...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057806926.1
MRKKLLSREALSVFKHKQQSKIRPPPPVYSPVIRVSNNIVHLGLPKEGPKPRQLLSLPPFPGHPLPGRNSTSAAYVTAISWLRYYFNEIPPLVIQKHFNEGLVQSTRGLSRCYEGQVMSTKKIRPNDIMEVGARVHVPVSVAESKVSKRFDVIPSATLNPNADEIEYIRRLVMYKDSAILVLNKPPNLPVKGPVTIHNSMDALAAASLSYNYDEGPKLVCRLDRESSGLLLMGRTKESISYLQWLFSDTKKTMSFSKEWN...
XP_057806927.1
MRKKLLSREALSVFKHKQQSKIRPPPPVYSPVIRVSNNIVHLGLPKEGPKPRQLLSLPPFPGHPLPGRNSTSAAYVTAISWLRYYFNEIPPLVIQKHFNEGLVQSTRGLSRCYEGQVMSTKKIRPNDIMEVGARVHVPVSVAESKVSKRFDVIPSATLNPNADEIEYIRRLVMYKDSAILVLNKPPNLPVKGPVTIHNSMDALAAASLSYNYDEGPKLVCRLDRESSGLLLMGRTKESISYLQWLFSDTKKTMSFSKEWN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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