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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002595

染色体: Chr04 坐标: 41378180-41379958 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002595
名称SmilChr04G002595
描述alkane hydroxylase MAH1-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向41378180 - 41379958 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021708
GeneID131021708
locus_tag-
NCBI NameLOC131021708
原始查询LOC131021708

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述alkane hydroxylase MAH1-like
产物alkane hydroxylase MAH1-like
ArabidopsisAT4G39490 (CYP96A10)
cytochrome P450, family 96, subfamily A, polypeptide 10 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3770599]
identity=51.8; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0140100 (MAH1)
-
identity=47.6; qcov=0.956; evalue=8.73e-165; confidence=high
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021708

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057806973.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057806973.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806973.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806973.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806973.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:41378517 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B120,B62
Chr4:41378518 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B23,B70,C21
Chr4:41378770 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr4:41379009 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B91,C29,C48
Chr4:41379035 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr4:41379042 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B104,B53,D7
Chr4:41379047 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B122,B22,C11,C69
Chr4:41379121 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,A2
Chr4:41379141 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D4,D6
Chr4:41379243 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:41379368 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D4,D6
Chr4:41379459 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B35,B55,B7,C23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806973.1
501 aa
N
1
250
501
p450
C
PF00067 p450 31-477 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806973.1 Pfam PF00067 p450 Domain 31 477 6.6e-56 190.7 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950990.1
CCTTAAGCCATAAATACAACCACCCTAGTGTGTGCAAGTGTTTCCTCTTATATTATATACCAAGTCCATCACAACCTAAATCTCAAAACAAGAAATACATACATAGATCAAGCAAGATGGTTTCATTAGGGTATCCCGAAATGTTGTTATCATTGGTATGCCTTTTCTTGGTTTGGTGCTGGAGAAACATCAACGGTCTGCCATGGAACTGGCCCTTACTTGGGATGCTCCCCAGCCTATTCTGCCACGTCCACCGGGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021708
ATGGTTTCATTAGGGTATCCCGAAATGTTGTTATCATTGGTATGCCTTTTCTTGGTTTGGTGCTGGAGAAACATCAACGGTCTGCCATGGAACTGGCCCTTACTTGGGATGCTCCCCAGCCTATTCTGCCACGTCCACCGGGTCCACGACCGGTGCGTGGACATCCTGGGGGCCGTTGGCGGGACCTTTCTGCTGCGAGGCCATTGGTTCGACAAGATGGACATCCTCATCACAGCAGATCCCGCCAACGTCCACTTTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806973.1
MVSLGYPEMLLSLVCLFLVWCWRNINGLPWNWPLLGMLPSLFCHVHRVHDRCVDILGAVGGTFLLRGHWFDKMDILITADPANVHFVMSSNFTNFPKGPEFKKIFDVLGDGIFNSDSESWSSQRKHARFLITHDRFRKFLINTTKDKLQYGLVPLLEHVSRQGLVVDLQDVYQRLTFDTTCRLVTGFDPGCLSVELPEVPFSRAMDEAEEAIFMRHCLPETVWKIQRFLGIGHEKQLIRARAVLDSVINKYISMKREELC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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