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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002597

染色体: Chr04 坐标: 41391949-41395926 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002597
名称SmilChr04G002597
描述uncharacterized SmilChr04G002597
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向41391949 - 41395926 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021710
GeneID131021710
locus_tag-
NCBI NameLOC131021710
原始查询LOC131021710

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述programmed cell death 2 C-terminal domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836606]; symbol=AT5G64830; hit=AT5G64830; species=arabidopsis; confidence=medium
产物programmed cell death 2 C-terminal domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836606]; symbol=AT5G64830; hit=AT5G64830; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G64830 (AT5G64830)
programmed cell death 2 C-terminal domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836606]
identity=40.8; qcov=0.997; evalue=8.82e-55; confidence=medium
RiceOs04g0640800
-
identity=39.6; qcov=0.966; evalue=6.09e-47; confidence=medium
GOGO:0005737 (cytoplasm)
KEGG-
PfamPF04194 (PDCD2_C); PF30657 (PDCD2_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021710

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057806975.1
2 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057806979.1
3 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057806975.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806975.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806975.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:41393648 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B54
Chr4:41393878 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 11 B135,B26,B42,B75,C16,C7,C70,C74,C85,C9,D2
Chr4:41394120 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D4,D6
Chr4:41394991 CTA C 2bp_deletion frameshift_variant 2 B125,C41
Chr4:41394991 CTA C 2bp_deletion CDS_variant 2 B125,C41
Chr4:41395352 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B75,B96,C35
Chr4:41395388 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,B39,C13
Chr4:41395446 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 D4
Chr4:41395446 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr4:41395713 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B56,B75,B96,C35
Chr4:41395774 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 6 A1,B139,C18,C22,C27,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806975.1
353 aa
N
1
176
353
PDCD2_N
PDCD2_C
C
PF30657 PDCD2_N 19-100 aa PF04194 PDCD2_C 238-351 aa
XP_057806976.1
365 aa
N
1
182
365
PDCD2_N
PDCD2_C
C
PF30657 PDCD2_N 31-112 aa PF04194 PDCD2_C 250-363 aa
XP_057806977.1
352 aa
N
1
176
352
PDCD2_N
PDCD2_C
C
PF30657 PDCD2_N 31-112 aa PF04194 PDCD2_C 250-337 aa
XP_057806978.1
340 aa
N
1
170
340
PDCD2_N
PDCD2_C
C
PF30657 PDCD2_N 19-100 aa PF04194 PDCD2_C 238-325 aa
XP_057806979.1
308 aa
N
1
154
308
PDCD2_C
C
PF04194 PDCD2_C 193-306 aa
XP_057806980.1
295 aa
N
1
148
295
PDCD2_C
C
PF04194 PDCD2_C 193-280 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806975.1 Pfam PF30657 PDCD2_N Domain 19 100 1.5e-12 48.4 Programmed cell death protein 2, N-terminal domain
XP_057806975.1 Pfam PF04194 PDCD2_C Domain 238 351 1.2e-27 96.8 Programmed cell death protein 2, C-terminal putative domain
XP_057806976.1 Pfam PF30657 PDCD2_N Domain 31 112 1.7e-12 48.3 Programmed cell death protein 2, N-terminal domain
XP_057806976.1 Pfam PF04194 PDCD2_C Domain 250 363 1.2e-27 96.7 Programmed cell death protein 2, C-terminal putative domain
XP_057806977.1 Pfam PF30657 PDCD2_N Domain 31 112 1.5e-12 48.4 Programmed cell death protein 2, N-terminal domain
XP_057806977.1 Pfam PF04194 PDCD2_C Domain 250 337 1e-23 84.1 Programmed cell death protein 2, C-terminal putative domain
XP_057806978.1 Pfam PF30657 PDCD2_N Domain 19 100 1.4e-12 48.6 Programmed cell death protein 2, N-terminal domain
XP_057806978.1 Pfam PF04194 PDCD2_C Domain 238 325 9e-24 84.3 Programmed cell death protein 2, C-terminal putative domain
XP_057806979.1 Pfam PF04194 PDCD2_C Domain 193 306 4.5e-28 98.1 Programmed cell death protein 2, C-terminal putative domain
XP_057806980.1 Pfam PF04194 PDCD2_C Domain 193 280 2e-24 86.4 Programmed cell death protein 2, C-terminal putative domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950992.1
TATTTAATTTTATTGTTTAACTGAAACTTTAAAGTTTAAACCCTACCTACAATAACGCATACTCAAGCTGCGACAAATGAAAAGATGAAATCTCTCCGCCTCTATCTGTAGTCTGTACGCGGCGTGACACCCACCCATTGACACCCAGTAACCGCCGGCGCCGCGCCGCACCTCTGAGCAGACCGTTCCAGTCTTCCAGAGACGCGAGAGCAGAGAGCCTGAGCCTGAGACTCCAGTCGTCGCGCCACCGGACTCTTTCC...
XM_057950994.1
GTTTAAACCCTACCTACAATAACGCATACTCAAGCTGCGACAAATGAAAAGATGAAATCTCTCCGCCTCTATCTGTAGTCTGTACGCGGCGTGACACCCACCCATTGACACCCAGTAACCGCCGGCGCCGCGCCGCACCTCTGAGCAGACCGTTCCAGTCTTCCAGAGACGCGAGAGCAGAGAGCCTGAGCCTGAGACTCCAGTCGTCGCGCCACCGGACTCTTTCCGCCTCCTCCGAGCAGCAGCAGCAGATAATTAAG...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131021710
ATGCACATGTTACTCATTACTGATCCAGGAAAGAACATGGATGGAGTCATTTTAGGCATGCCTGGGCCGTGGGCTGAGAGTAATTATGAAGAAGCTGATATATATACTACAAAAATAGGAGGAGTTCCTGATTTACCTATTGATGAGAAGCCGGATCTGCTTAAGTGCAATACATGTAGGAGCCATCTTTCTCTCCTTGCACAGGTTTATGCTCCTGTCTCAAGTGCATCTTTGACAATAGATGAGCGACTAATCTTTGT...
LOC131021710
ATGCACATGTTACTCATTACTGATCCAGGAAAGAACATGGATGGAGTCATTTTAGGCATGCCTGGGCCGTGGGCTGAGAGTAATTATGAAGAAGCTGATATATATACTACAAAAATAGGAGGAGTTCCTGATTTACCTATTGATGAGAAGCCGGATCTGCTTAAGTGCAATACATGTAGGAGCCATCTTTCTCTCCTTGCACAGGTTTATGCTCCTGTCTCAAGTGCATCTTTGACAATAGATGAGCGACTAATCTTTGT...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057806975.1
MDGVILGMPGPWAESNYEEADIYTTKIGGVPDLPIDEKPDLLKCNTCRSHLSLLAQVYAPVSSASLTIDERLIFVFGCTVPNCENPIWRALRVQKIASNKGDESPESSTSCSKNNWLEDLCSFDIGEEVDDIDVEELSRALSEAASLNSTGKKQNNVTKSRKESLPTGQSTRSIDGSILVLPCFYTYAQEEKLSKKAISESSKLQISVKDYEKNYKDDSDGETYGEEKYEYDTALNADRFYLKFMKRMDAYPEQCFRYCY...
XP_057806976.1
MHMLLITDPGKNMDGVILGMPGPWAESNYEEADIYTTKIGGVPDLPIDEKPDLLKCNTCRSHLSLLAQVYAPVSSASLTIDERLIFVFGCTVPNCENPIWRALRVQKIASNKGDESPESSTSCSKNNWLEDLCSFDIGEEVDDIDVEELSRALSEAASLNSTGKKQNNVTKSRKESLPTGQSTRSIDGSILVLPCFYTYAQEEKLSKKAISESSKLQISVKDYEKNYKDDSDGETYGEEKYEYDTALNADRFYLKFMKRM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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