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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002678`

染色体: Chr04 坐标: 42216126-42218986 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002678`
名称	SmilChr04G002678
描述	short-chain dehydrogenase RED1-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	42216126 - 42218986 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021786`
GeneID	`131021786`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021786`
原始查询	`LOC131021786`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	short-chain dehydrogenase RED1-like
产物	short-chain dehydrogenase RED1-like
Arabidopsis	`AT5G10050` (AT5G10050) NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830869] identity=62.6; qcov=0.975; evalue=2.7e-132; confidence=high
Rice	`Os04g0457200` - identity=52.6; qcov=0.892; evalue=4.62e-93; confidence=high
GO	GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0016491 (oxidoreductase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00106 (adh_short); PF01370 (Epimerase); PF08643 (DUF1776); PF08659 (KR); PF13561 (adh_short_C2); PF23441 (SDR)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021786

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057807062.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.60000	`XP_057807062.1`
3	Peroxisome	过氧化物酶体	0.20000	`XP_057807062.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057807062.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807062.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:42216198`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A10,A2
`Chr4:42216369`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C80
`Chr4:42216426`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A24,B35,C42
`Chr4:42218565`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B40
`Chr4:42218705`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	26	A25,A6,B1,B108,B111,B120,B122,B125,B132,B136,B22,B30,B40,B46,B54,B61,B62,B65,B82,C24,C29,C4,C42,C5,C80,D5
`Chr4:42218707`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	29	A25,A6,B1,B108,B111,B118,B120,B122,B125,B132,B136,B22,B30,B39,B40,B46,B54,B61,B62,B65,B82,C24,C29,C4,C42,C5,C80,D11,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807062.1

277 aa

138

277

DUF1776

adh_short

SDR

Epimerase

adh_short_C2

PF08643 DUF1776 5-186 aa PF00106 adh_short 7-190 aa PF23441 SDR 7-193 aa PF08659 KR 9-165 aa PF01370 Epimerase 16-144 aa PF13561 adh_short_C2 17-213 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807062.1`	Pfam	`PF08643`	DUF1776	Family	5	186	4.3e-11	43.5	Fungal family of unknown function (DUF1776)
`XP_057807062.1`	Pfam	`PF00106`	adh_short	Domain	7	190	1.5e-46	159.1	short chain dehydrogenase
`XP_057807062.1`	Pfam	`PF23441`	SDR	Domain	7	193	4e-08	33.7	SDR-like rossmann domain
`XP_057807062.1`	Pfam	`PF08659`	KR	Family	9	165	9.2e-08	32.9	KR domain
`XP_057807062.1`	Pfam	`PF01370`	Epimerase	Family	16	144	1.6e-05	25.2	NAD dependent epimerase/dehydratase family
`XP_057807062.1`	Pfam	`PF13561`	adh_short_C2	Domain	17	213	3.6e-32	112.6	Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951079.1
TCGGTAATAGTGATACAGAAGAAGAAACAATCAGTAGGTTGATGCGTGGAAGTCAATGGGCATTTACGAGAAGCAGGTAGTGCTGATAAGCGGCTGCTCCGCCGGAGGCATAGGCCACGCGCTAGCCCTCGAATTCGCCGCCCGGGGCTGCCTCGTGGTGGCGACGGCGCGTTCACTCTCCTCCATCTCCGATTTGCAGGACGATTCCAGGTTCTTCCTCCAAGAGCTCGACGTCTCCTCCGACGACAGCGTGCGCCACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021786
ATGGGCATTTACGAGAAGCAGGTAGTGCTGATAAGCGGCTGCTCCGCCGGAGGCATAGGCCACGCGCTAGCCCTCGAATTCGCCGCCCGGGGCTGCCTCGTGGTGGCGACGGCGCGTTCACTCTCCTCCATCTCCGATTTGCAGGACGATTCCAGGTTCTTCCTCCAAGAGCTCGACGTCTCCTCCGACGACAGCGTGCGCCACGCGCTCTCCACAGTCCTCGAGAACTTCGGCCGTATCGATATCGTTGTCAACAATGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807062.1
MGIYEKQVVLISGCSAGGIGHALALEFAARGCLVVATARSLSSISDLQDDSRFFLQELDVSSDDSVRHALSTVLENFGRIDIVVNNAGVQCVGPVAEVPLSMIQHTFNTNVFGSLRLIQATIPHMASRKKGKIVNIGSVSVLAPLPWAGVYTASKSALHSLSDNLRLEVRPFGIDVITVVPGAIKSNLGDSALSIYNRMPEWKLYKPFEEAIRARAVFSQTPKSTPAQDFAKKTVIAVLKDKPRAWLSFGHQSTLMAILY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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