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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002687

染色体: Chr04 坐标: 42298733-42299601 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002687
名称SmilChr04G002687
描述heavy metal-associated isoprenylated plant protein 47-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向42298733 - 42299601 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021794
GeneID131021794
locus_tag-
NCBI NameLOC131021794
原始查询LOC131021794

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述heavy metal-associated isoprenylated plant protein 47-like
产物heavy metal-associated isoprenylated plant protein 47-like
ArabidopsisAT4G05030 (AT4G05030)
Copper transport protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825845]
identity=47.9; qcov=0.628; evalue=5.08e-15; confidence=low
RiceOs02g0584700
-
identity=50.5; qcov=0.823; evalue=1.76e-16; confidence=low
GOGO:0046872 (metal ion binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021794

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057807068.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057807068.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057807068.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807068.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807068.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:42298981 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B130
Chr4:42298981 AG A 1bp_deletion CDS_variant 1 B130
Chr4:42299065 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B27,C55
Chr4:42299135 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,A2
Chr4:42299183 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B100,B104,B33,B68,B75
Chr4:42299361 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 2 B114,B126
Chr4:42299361 GA G 1bp_deletion CDS_variant 2 B114,B126

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951085.1
TATGTTATAAGTCAATTAATCTAAGTATAATATTGTGATTATATATTTTCCTATAAATAATCTTAATGCTGCTTCTTACTTTCTCATACTGAGCATTTCAACAACATTCTCCATTTCGGACAAAGAAAAAATGACGCAAAAGATTGTGATCGGAATGTCGCTCTGCAATGACAAATGTCGCTCCAAGGCTCTCAAAGTTGCTGTCTCCGTACCAGGTGTTGAATCGGCGGCGATTGTGAGGGGAGACAAGGACCAGGTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021794
ATGACGCAAAAGATTGTGATCGGAATGTCGCTCTGCAATGACAAATGTCGCTCCAAGGCTCTCAAAGTTGCTGTCTCCGTACCAGGTGTTGAATCGGCGGCGATTGTGAGGGGAGACAAGGACCAGGTGGTGGTGATGGGCGACGGTGTGGACTCAGTGGAGCTGACGCGGCGGCTGAGGAAAAAGATGGGCCATGCGGAGCTGATGAGTGTTGAGCAGACCAGTGCTGCGGCCGAGGCGCAGGCGGTGGTGCCGCCGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807068.1
MTQKIVIGMSLCNDKCRSKALKVAVSVPGVESAAIVRGDKDQVVVMGDGVDSVELTRRLRKKMGHAELMSVEQTSAAAEAQAVVPPPYYGFPYYHHYQYQVREPVVPLGWPSG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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