Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002696`

染色体: Chr04 坐标: 42462728-42464940 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002696`
名称	SmilChr04G002696
描述	protein SOSEKI 2
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	42462728 - 42464940 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021805`
GeneID	`131021805`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021805`
原始查询	`LOC131021805`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein SOSEKI 2
产物	protein SOSEKI 2
Arabidopsis	`AT5G10150` (AT5G10150) UPSTREAM OF FLC protein (DUF966) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830879] identity=42.4; qcov=0.969; evalue=6.29e-82; confidence=medium
Rice	`Os03g0192300` (OsDSR4) - identity=36.7; qcov=1.02; evalue=2.13e-64; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF06136 (SOK)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021805

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057807077.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057807077.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807077.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807077.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057807077.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:42463785`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C58
`Chr4:42463790`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B130,B58
`Chr4:42463886`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83
`Chr4:42463959`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C57
`Chr4:42463975`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B130,B93,B96
`Chr4:42464091`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807077.1

392 aa

196

392

SOK

PF06136 SOK 32-120 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807077.1`	Pfam	`PF06136`	SOK	Domain	32	120	1.9e-44	150.6	SOSEKI protein DIX-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951094.1
AGCAGCATTAATAAACCTGTTGCGTGGAGCAGATCGCTTTCATGTCTGAATTCGGCTAAAAAAGCTGTCTCTTAAATTTCTTCCTACAAAAGATTTGCTTTTAGCTTTTTCCCACAACTACACAAGTCAGAGCACAGCATTCCACCCCCACACCCAACCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTAGATTGCAAAGAATTTTCTGTAGATCCTCATATCTTTGGTCTAGGTCTACGCATCTTCTTTTCTTCTAAGCTGTCACCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021805
ATGGAGGTAGGGAGGAGAATTCGGAGAGAAATGAGTCCGGAGAGGGCTAAAATGTGTGGTCCAACAAGAGTGATAAAGCCCACTTTCAAGAAAGTTCAAGTTGTTTACTATCTCTCTACAAACGGCCATCTTCACCACCCACATTATATCGAAGTTTCTCATCTTGCTCACCAACACCTTCGGTTGAAAGATGTTTTGGACCGCCTCAAAGTCCTGAGAGGTAAAGGCATGCCTTCCCTTTACTCCTGGTCCTGCAAGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807077.1
MEVGRRIRREMSPERAKMCGPTRVIKPTFKKVQVVYYLSTNGHLHHPHYIEVSHLAHQHLRLKDVLDRLKVLRGKGMPSLYSWSCKRSFKNGYVWNDLGHNDVIYPSEGGEYVLKGSELLVDCTEKLQQLQFGNVQQFQHQESNLYPSKRGISAAASKQQMEEQEMMNVDEEEYEEKATCSRGVSTDEIEQDSKHKHKNSPHTELNMDTNSLSSPPSTTSSTPSDNPNNEGSKRFEDVGNEPMLSRNSMLFNLIACGGSA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器