当前解析结果
SmilChr04G002698| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002698 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002698 |
| 描述 | major pollen allergen Lol p 11-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 42479501 - 42481258 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131021806 |
|---|---|
| GeneID | 131021806 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131021806 |
| 原始查询 | LOC131021806 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | major pollen allergen Lol p 11-like |
| 产物 | major pollen allergen Lol p 11-like |
| Arabidopsis | AT4G08685 (SAH7)Pollen Ole e 1 allergen and extensin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826435] identity=48.1; qcov=1.01; evalue=6.95e-46; confidence=medium |
| Rice | Os10g0371000 (OsEXTL)- identity=50.4; qcov=0.849; evalue=4.09e-42; confidence=medium |
| GO | GO:0005615 (GO:0005615) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01190 (Pollen_Ole_e_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131021806 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057807078.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.40000 | XP_057807078.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057807078.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057807078.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057807078.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:42480747 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C83 |
Chr4:42480771 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B58,D11,D7 |
Chr4:42480825 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A18,B104,B126,B28 |
Chr4:42480876 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B111,B120,B62 |
Chr4:42480926 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A13,B3,B84,C13 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057807078.1PF01190
Pollen_Ole_e_1 25-154 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057807078.1 |
Pfam | PF01190 |
Pollen_Ole_e_1 | Domain | 25 | 154 | 6.7e-47 | 159.7 | Pollen protein Ole e 1 like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。