Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002709`

染色体: Chr04 坐标: 42713807-42716004 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002709`
名称	SmilChr04G002709
描述	inactive TPR repeat-containing thioredoxin TTL3-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	42713807 - 42716004 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021816`
GeneID	`131021816`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021816`
原始查询	`LOC131021816`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	inactive TPR repeat-containing thioredoxin TTL3-like
产物	inactive TPR repeat-containing thioredoxin TTL3-like
Arabidopsis	`AT5G65160` (TPR14) tetratricopeptide repeat (TPR)-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836639] identity=47.2; qcov=1.08; evalue=1.14e-176; confidence=high
Rice	`Os01g0218200` - identity=43.5; qcov=0.675; evalue=1.18e-90; confidence=medium
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0005737 (cytoplasm)
KEGG	-
Pfam	PF00515 (TPR_1); PF07719 (TPR_2); PF13181 (TPR_8); PF13432 (TPR_16)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021816

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.40000	`XP_057807088.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057807088.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057807088.1`
4	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057807088.1`
5	Peroxisome	过氧化物酶体	0.20000	`XP_057807088.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:42713900`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr4:42713904`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B76
`Chr4:42714146`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr4:42714220`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B130,B140,B40,C39
`Chr4:42714273`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr4:42714274`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B81,C11,C41,C6,C69
`Chr4:42714286`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B108,B27
`Chr4:42714294`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B99
`Chr4:42714319`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A24,B114,B35,C42,D7
`Chr4:42714333`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B28
`Chr4:42714370`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr4:42714379`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807088.1

538 aa

269

538

TPR_16

TPR_2

TPR_1

TPR_8

PF13432 TPR_16 194-254 aa PF13432 TPR_16 429-489 aa PF07719 TPR_2 456-489 aa PF00515 TPR_1 457-489 aa PF13181 TPR_8 458-489 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807088.1`	Pfam	`PF13432`	TPR_16	Repeat	194	254	1.2e-15	58.3	Tetratricopeptide repeat
`XP_057807088.1`	Pfam	`PF13432`	TPR_16	Repeat	429	489	1.2e-15	58.3	Tetratricopeptide repeat
`XP_057807088.1`	Pfam	`PF07719`	TPR_2	Repeat	456	489	2.1e-31	106.1	Tetratricopeptide repeat
`XP_057807088.1`	Pfam	`PF00515`	TPR_1	Repeat	457	489	4.8e-26	90.2	Tetratricopeptide repeat
`XP_057807088.1`	Pfam	`PF13181`	TPR_8	Repeat	458	489	1.3e-14	53.8	Tetratricopeptide repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951105.1
AGTTGCTCCGAATTCCTCGGATGCAATGTAAGAAATCAAGAAATTCTTATTATGTAAGAAAAAAAGGAAAAAAAATGAAATTGGAAAATAGAAAAGGAAAAAGAAATCAAGAAGGAAACAAGAGAGAGAAGATTGATGAATTGCAAATTCACCATCCAACAACATAATCCCCATATTCTTAATCTCCTCTCTCTCTCTCTCTCATGGGGGATTGTTCTTCTGAGAGAAGATCAGGATGTGGCTTACTTGGCGCAGTATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021816
ATGGGGGATTGTTCTTCTGAGAGAAGATCAGGATGTGGCTTACTTGGCGCAGTATTTGGTGGCAAAACTCTAAGGCCAAGAAAATCACCTTCTCCAACACCTGTTCAAACATCCAAAATCCAAAAGGCTAATGCTGACCATGATTCTGCCGATTCATCTAACCTTCAAAATGATGATAAACAAGGAGACAGAGTCATATCCCGGCCCGGCCCGAACCACAAACCTCAGCCCCTTCGCCAGCAGCATCCGGGCCCGAGTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807088.1
MGDCSSERRSGCGLLGAVFGGKTLRPRKSPSPTPVQTSKIQKANADHDSADSSNLQNDDKQGDRVISRPGPNHKPQPLRQQHPGPSANPKNAEGQGQAQKVPLPGMGLSGELDTMIRDHQRSKGAGNLVRASSSNVMLHSNLGNLRQPGDGHARNEQPFPINGNVAKRSEGPEKPDVFCRALSTRMDPEHLKILGNEDYKNGRFAEALSLYEAAISVDPNKASYRSNKSAALTAMGKLLEAAFECREAIRIDPFYQRAHN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器