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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002750

染色体: Chr04 坐标: 43178011-43179407 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002750
名称SmilChr04G002750
描述PLASMODESMATA CALLOSE-BINDING PROTEIN 3-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向43178011 - 43179407 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021848
GeneID131021848
locus_tag-
NCBI NameLOC131021848
原始查询LOC131021848

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述PLASMODESMATA CALLOSE-BINDING PROTEIN 3-like
产物PLASMODESMATA CALLOSE-BINDING PROTEIN 3-like
ArabidopsisAT1G29380 (AT1G29380)
Carbohydrate-binding X8 domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839813]
identity=50.3; qcov=0.627; evalue=1.16e-38; confidence=medium
RiceOs01g0631500
-
identity=73.9; qcov=0.319; evalue=2.61e-39; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF07983 (X8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021848

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057807150.1
2 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057807150.1
3 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057807150.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057807150.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807150.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807150.1
276 aa
N
1
138
276
X8
C
PF07983 X8 104-173 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807150.1 Pfam PF07983 X8 Domain 104 173 2e-20 73.9 X8 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951167.1
CTCCATTCAGCCACCTTAATTCTTGCTTAAATCGGGCGTTTCTGCATCCCGTTTCAAGACACATTCATGGTTGCCAAAATAGTGCATCACACAATGCTGTTTTTCCTATGTTTTCTTCTCTTCATGTCAGGCACAAAAAGTGCACCACCTAAAGCGACCCACAAACTGGGCTATCAAGTAAACCAAGAGGTGCAGAGAGACAACGTACCGGTGGTGAACCCAACGACACCAGGCGCGACACCTATAGTGAATCCAACGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021848
ATGGTTGCCAAAATAGTGCATCACACAATGCTGTTTTTCCTATGTTTTCTTCTCTTCATGTCAGGCACAAAAAGTGCACCACCTAAAGCGACCCACAAACTGGGCTATCAAGTAAACCAAGAGGTGCAGAGAGACAACGTACCGGTGGTGAACCCAACGACACCAGGCGCGACACCTATAGTGAATCCAACGTCCCCGTTGCCTCCCTTAACAACGGGTCCAAACCCGTTGCCTCCCACAACGACGGGGCCTAACCCAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807150.1
MVAKIVHHTMLFFLCFLLFMSGTKSAPPKATHKLGYQVNQEVQRDNVPVVNPTTPGATPIVNPTSPLPPLTTGPNPLPPTTTGPNPMPPTTTGPNPTSSSGGAWCIANPSTSQTALQVALDYACGYGGTDCSAIQPNGACWEPNTLADHASYAFNDYYQKNPVATSCVFGGAAQITNTDPSHGSCRFPASTSTPTTPPSAPMTPPATPTALPPPSPTTTFDPYSPGGDSGDGTQPTDGDYGPTGEPNSAGTASSSLVLLI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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