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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002767

染色体: Chr04 坐标: 43428631-43433851 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002767
名称SmilChr04G002767
描述protein ecdysoneless homolog
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向43428631 - 43433851 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021863
GeneID131021863
locus_tag-
NCBI NameLOC131021863
原始查询LOC131021863

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein ecdysoneless homolog
产物protein ecdysoneless homolog
ArabidopsisAT5G65490 (AT5G65490)
suppressor-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836674]
identity=60.6; qcov=0.984; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0447200
-
identity=53.5; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus)
KEGG-
PfamPF07093 (SGT1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021863

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057807167.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057807167.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057807167.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807167.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807167.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:43429152 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B31
Chr4:43429468 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C16,D3,D7
Chr4:43429499 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B31
Chr4:43431765 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr4:43431828 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B112,B136,B44,C55
Chr4:43432622 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr4:43432631 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B109,C15,C34,C43
Chr4:43432841 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr4:43433220 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B114,B59,D11
Chr4:43433352 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr4:43433492 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B76,C16
Chr4:43433626 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807167.1
642 aa
N
1
321
642
SGT1
C
PF07093 SGT1 23-602 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807167.1 Pfam PF07093 SGT1 Family 23 602 1.5e-190 635.3 SGT1 protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951184.1
ATCACAAGGTCTCATCTTCACGGTCGGTCTGTTCCAAAAATTAAGCAAAAAATTTTCTTGTTCTTTTTTAATTGCTAATTGTGTATGTGGCGGTCGAAGTTGTGGGCGCCGAGTCTAAAATCTTCTACATTTTTCAACAGACCACATCACTCAAATATACGACGTCGCAGTGAAGGCTTCCTGAAACCCCACGCACACACACAGCCATGACAGCAGCAGCTGATTCTTCATCAATTTTCTCTCTCAACAACTCGCGCCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021863
ATGACAGCAGCAGCTGATTCTTCATCAATTTTCTCTCTCAACAACTCGCGCCCGCCCGACGACACCGTCTTCTACTCCATCTACCCCGACTCATGCCTCTCCTCCTCCGCCGCCGAAGACCTGCAATCTCTCCATCTCCAAATCCTCAACCACGCCCAACCATTAACCGCCCCATACATCTGGCAGCACCAGCCCTTTTCTCTCTCCATATCCCCCGCACCCCTTCCTCACCTCTCCGGCCGCCTCCGTTTCGGCGACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807167.1
MTAAADSSSIFSLNNSRPPDDTVFYSIYPDSCLSSSAAEDLQSLHLQILNHAQPLTAPYIWQHQPFSLSISPAPLPHLSGRLRFGDNLEDEWFVVHILFEISKNFPNLSIRVWDSDGEFLLIECAFHLPKWLNPETSINRVFLRSGRLRILPPSTFRETPNLEDALRLLAREDANDSATNAPDAVQLHLNNKIGEYPERAYRNVHKVRVIVPVSVAWLLRHEPCLISLSVEGFYDRDIDSMKCAARMERLLPRGKQEEMV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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