当前解析结果
SmilChr04G002767| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002767 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002767 |
| 描述 | protein ecdysoneless homolog |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 43428631 - 43433851 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131021863 |
|---|---|
| GeneID | 131021863 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131021863 |
| 原始查询 | LOC131021863 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein ecdysoneless homolog |
| 产物 | protein ecdysoneless homolog |
| Arabidopsis | AT5G65490 (AT5G65490)suppressor-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836674] identity=60.6; qcov=0.984; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os08g0447200- identity=53.5; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005634 (nucleus) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07093 (SGT1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131021863 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057807167.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057807167.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057807167.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057807167.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057807167.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:43429152 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B31 |
Chr4:43429468 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C16,D3,D7 |
Chr4:43429499 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B31 |
Chr4:43431765 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C23 |
Chr4:43431828 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B112,B136,B44,C55 |
Chr4:43432622 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C4 |
Chr4:43432631 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B109,C15,C34,C43 |
Chr4:43432841 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C4 |
Chr4:43433220 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B10,B114,B59,D11 |
Chr4:43433352 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C4 |
Chr4:43433492 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B76,C16 |
Chr4:43433626 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057807167.1PF07093
SGT1 23-602 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057807167.1 |
Pfam | PF07093 |
SGT1 | Family | 23 | 602 | 1.5e-190 | 635.3 | SGT1 protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。