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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002814

染色体: Chr04 坐标: 44150001-44163447 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002814
名称SmilChr04G002814
描述cold-responsive protein kinase 1-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向44150001 - 44163447 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021907
GeneID131021907
locus_tag-
NCBI NameLOC131021907
原始查询LOC131021907

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cold-responsive protein kinase 1-like
产物cold-responsive protein kinase 1-like
ArabidopsisAT1G70520 (CRK2)
cysteine-rich RLK (RECEPTOR-like protein kinase) 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843389]
identity=38.6; qcov=0.881; evalue=1.26e-125; confidence=medium
RiceOs11g0470500
-
identity=54.5; qcov=0.964; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF01657 (Stress-antifung); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021907

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057807227.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057807227.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807227.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807227.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057807227.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:44150237 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B54,C20
Chr4:44150301 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,B91,C71
Chr4:44150420 CCA C 2bp_deletion frameshift_variant 1 B140
Chr4:44150420 CCA C 2bp_deletion CDS_variant 1 B140
Chr4:44150574 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr4:44150606 CCG C 2bp_deletion frameshift_variant 1 B78
Chr4:44150606 CCG C 2bp_deletion CDS_variant 1 B78
Chr4:44150807 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B31
Chr4:44150873 C CTG 2bp_insertion frameshift_variant 5 A14,B50,B6,B79,C7
Chr4:44150873 C CTG 2bp_insertion CDS_variant 5 A14,B50,B6,B79,C7
Chr4:44150934 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 4 A14,A24,A8,B13
Chr4:44150934 T TA 1bp_insertion CDS_variant 4 A14,A24,A8,B13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807227.1
667 aa
N
1
334
667
Stress-antifung
Stress-antifung
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF01657 Stress-antifung 40-132 aa PF01657 Stress-antifung 148-241 aa PF00069 Pkinase 349-615 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 351-616 aa
XP_057807228.1
647 aa
N
1
324
647
Stress-antifung
Stress-antifung
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF01657 Stress-antifung 40-132 aa PF01657 Stress-antifung 148-241 aa PF00069 Pkinase 329-595 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 331-596 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807227.1 Pfam PF01657 Stress-antifung Family 40 132 8.2e-31 107.3 Salt stress response/antifungal
XP_057807227.1 Pfam PF01657 Stress-antifung Family 148 241 8.2e-31 107.3 Salt stress response/antifungal
XP_057807227.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 349 615 3e-51 175.1 Protein kinase domain
XP_057807227.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 351 616 1.6e-49 169.3 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057807228.1 Pfam PF01657 Stress-antifung Family 40 132 7.5e-31 107.4 Salt stress response/antifungal
XP_057807228.1 Pfam PF01657 Stress-antifung Family 148 241 7.5e-31 107.4 Salt stress response/antifungal
XP_057807228.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 329 595 2.8e-51 175.2 Protein kinase domain
XP_057807228.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 331 596 1.4e-49 169.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951245.1
GAATTATTTAACATGTTAATAAGTTATTAATTTGAAATTCATAATATATACAGACAGACAAGCTGGTGTATCTGGAAAGCCAATTCAGACAGATGGCAAGCACATCGAGGTGGAGCTGTTGGCTCCGCCTGATTATCACAGCCGCCGCGGTGTCGATGTGGTGGCGAAAAGCTAACTCGCAGCCGCAGATTAATCTGCTGAATAAGGGATGCAGCCAGTACAATGCAAGCAACGCTGCGGATTTTTTCAACAACCTCAAC...
XM_057951244.1
GAATTATTTAACATGTTAATAAGTTATTAATTTGAAATTCATAATATATACAGACAGACAAGCTGGTGTATCTGGAAAGCCAATTCAGACAGATGGCAAGCACATCGAGGTGGAGCTGTTGGCTCCGCCTGATTATCACAGCCGCCGCGGTGTCGATGTGGTGGCGAAAAGCTAACTCGCAGCCGCAGATTAATCTGCTGAATAAGGGATGCAGCCAGTACAATGCAAGCAACGCTGCGGATTTTTTCAACAACCTCAAC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131021907
ATGGCAAGCACATCGAGGTGGAGCTGTTGGCTCCGCCTGATTATCACAGCCGCCGCGGTGTCGATGTGGTGGCGAAAAGCTAACTCGCAGCCGCAGATTAATCTGCTGAATAAGGGATGCAGCCAGTACAATGCAAGCAACGCTGCGGATTTTTTCAACAACCTCAACGCCACCTTCTCCGACCTCAGAAGTCAGCTATTATCGGGCACGCTCTTCGCTACCGCGGAGCAGGCGAGGTCTTCGGATCCCGTCTACGCCAT...
LOC131021907
ATGGCAAGCACATCGAGGTGGAGCTGTTGGCTCCGCCTGATTATCACAGCCGCCGCGGTGTCGATGTGGTGGCGAAAAGCTAACTCGCAGCCGCAGATTAATCTGCTGAATAAGGGATGCAGCCAGTACAATGCAAGCAACGCTGCGGATTTTTTCAACAACCTCAACGCCACCTTCTCCGACCTCAGAAGTCAGCTATTATCGGGCACGCTCTTCGCTACCGCGGAGCAGGCGAGGTCTTCGGATCCCGTCTACGCCAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057807227.1
MASTSRWSCWLRLIITAAAVSMWWRKANSQPQINLLNKGCSQYNASNAADFFNNLNATFSDLRSQLLSGTLFATAEQARSSDPVYAMVQCRNYMTPTDCLACYDAAVSQIRNCSAANGARVIYDGCFLRYESNNFYDQTTLPGNVQICGNRTAPQPAEFAASGEALLRDLEVATPRTKAYYAASKRAVGNFTVYGVAQCAQTITQAGCQDCLTVAYRNIESCLPDADGRAIDAACFLRYSDTPFFADNQTTNITPFLGAG...
XP_057807228.1
MASTSRWSCWLRLIITAAAVSMWWRKANSQPQINLLNKGCSQYNASNAADFFNNLNATFSDLRSQLLSGTLFATAEQARSSDPVYAMVQCRNYMTPTDCLACYDAAVSQIRNCSAANGARVIYDGCFLRYESNNFYDQTTLPGNVQICGNRTAPQPAEFAASGEALLRDLEVATPRTKAYYAASKRAVGNFTVYGVAQCAQTITQAGCQDCLTVAYRNIESCLPDADGRAIDAACFLRYSDTPFFADNQTTNITPFLGAG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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