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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001935`

染色体: Chr01 坐标: 34548221-34549926 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001935`
名称	SmilChr01G001935
描述	probable CCR4-associated factor 1 homolog 11
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	34548221 - 34549926 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021928`
GeneID	`131021928`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021928`
原始查询	`LOC131021928`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable CCR4-associated factor 1 homolog 11
产物	probable CCR4-associated factor 1 homolog 11
Arabidopsis	`AT5G22250` (CAF1b) Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832285] identity=71.6; qcov=0.989; evalue=1.19e-141; confidence=high
Rice	`Os02g0796300` (OsCAF1H) - identity=56.1; qcov=0.964; evalue=2.37e-100; confidence=high
GO	GO:0000932 (P-body); GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004535 (poly(A)-specific ribonuclease activity); GO:0030014 (CCR4-NOT complex); GO:0030015 (CCR4-NOT core complex); GO:0043928 (GO:0043928)
KEGG	smil03018 (RNA degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF04857 (CAF1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021928

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057807254.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057807254.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057807254.1`
4	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057807254.1`
5	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.20000	`XP_057807254.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:34549184`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,B70,C1
`Chr1:34549205`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B70,C1,D11
`Chr1:34549215`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr1:34549239`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C43
`Chr1:34549296`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B49,B62,C83
`Chr1:34549378`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C30
`Chr1:34549472`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B3,B86,C15,C44
`Chr1:34549521`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A24
`Chr1:34549560`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A1,A8,B19,B96,C26
`Chr1:34549731`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:34549801`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807254.1

281 aa

140

281

CAF1

PF04857 CAF1 19-146 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807254.1`	Pfam	`PF04857`	CAF1	Family	19	146	6.7e-19	69.0	CAF1 family ribonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951271.1
TCTTTTGAAACGGAAGGTGTATTATTTTTTTGAAGTTACAGGTCACAAGAGGTATCTGAATACAATCATTAATGCAACTCGTACACAGACGGGACCTCAACACCACACAACGGTGGGAAAACATCAGTGCACGCAAGCGAGAACGCCCTGCTTGCCAAAGGGAATCGAACCTAATACTTCTCACAAAGGAGAGTCTTTGAGTGCCCCAACTTTACCACTTGAGCAAGGCCTCATTGGCACGAAAAATGTATTATTAATAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021928
ATGGTTTCCGACAACCTTAAAAGCGACGGCGGCAAGCCTATAAAGATCCGAGAAGTGTGGTCTGACAACCTCGAATTGGAATTCGAGCTCATCTCCGACCTAATCGATCAATTCCCCTTCATTTCCATGGACACGGAGTTCCCCGGCGTAATTTTCAAGCCGGCGCCGGCTGGGAACCGGCGCGGACCGCGGCGGCCCTCCGCGGCCGACCACTACCGGCTGCTGAAGTCCAACGTGGACGCGCTGAACCTGATCCAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807254.1
MVSDNLKSDGGKPIKIREVWSDNLELEFELISDLIDQFPFISMDTEFPGVIFKPAPAGNRRGPRRPSAADHYRLLKSNVDALNLIQLGITLSDAAGNLPDLGGEQRFIWQFNFADFDAARDPHAPDSIELLRAHGIDFERNRTEGIDSARFAELMMSSGLVCNEAVSWVTFHSAYDFGYLMKVLTRRPLPGGLGEFTAALRAFFGSNVYDIKHLMRFCESLYGGLDRVARALDVDRVVGKCHQAGSDSLLTWHAFQRMRD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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