Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002881`

染色体: Chr04 坐标: 45013831-45016870 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002881`
名称	SmilChr04G002881
描述	benzyl alcohol O-benzoyltransferase-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	45013831 - 45016870 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021967`
GeneID	`131021967`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021967`
原始查询	`LOC131021967`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	benzyl alcohol O-benzoyltransferase-like
产物	benzyl alcohol O-benzoyltransferase-like
Arabidopsis	`AT5G17540` (AT5G17540) HXXXD-type acyl-transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831620] identity=50.8; qcov=1; evalue=4.8e-144; confidence=high
Rice	`Os06g0710700` - identity=47.2; qcov=1.02; evalue=1.3e-136; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF02458 (Transferase)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021967

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057807283.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057807283.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057807283.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807283.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807283.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:45014011`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B100
`Chr4:45014011`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B100
`Chr4:45014131`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C36
`Chr4:45014217`	`TCC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C82
`Chr4:45014217`	`TCC`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C82
`Chr4:45014231`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr4:45016115`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55
`Chr4:45016215`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C58
`Chr4:45016276`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55
`Chr4:45016330`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55
`Chr4:45016334`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55
`Chr4:45016634`	`C`	`CAT`	2bp_insertion	stop_gained,frameshift_variant	1	D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807283.1

439 aa

220

439

Transferase

PF02458 Transferase 9-426 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807283.1`	Pfam	`PF02458`	Transferase	Family	9	426	2.5e-81	274.3	Transferase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951300.1
GTGTTCAAGGCATGTAAAGATGTCTTCATCTAAAACCTTGAGCTTTAAAGTTACTAAAAGAAATCCAGAGCTTGTCTCTCCGGCGGAACCCATACCATATGAATTCAAATATCTGTCTGACTTAGACGATCAGATTGGGTTTCGAAGATACCTTCCAATGATAAATTTCTACCAAAAGAATCCCTCCATGAAAGGGAAAGATCCTGTGAAAACTATACGTGATGCAGTTGCCAAAGCCTTGGTCTTTTATTATCCATGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021967
ATGTCTTCATCTAAAACCTTGAGCTTTAAAGTTACTAAAAGAAATCCAGAGCTTGTCTCTCCGGCGGAACCCATACCATATGAATTCAAATATCTGTCTGACTTAGACGATCAGATTGGGTTTCGAAGATACCTTCCAATGATAAATTTCTACCAAAAGAATCCCTCCATGAAAGGGAAAGATCCTGTGAAAACTATACGTGATGCAGTTGCCAAAGCCTTGGTCTTTTATTATCCATGGGCAGGGCGATTGAGGGAATA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807283.1
MSSSKTLSFKVTKRNPELVSPAEPIPYEFKYLSDLDDQIGFRRYLPMINFYQKNPSMKGKDPVKTIRDAVAKALVFYYPWAGRLREYVGQKLAVECTGQGVVFVEADADVMLHQFGDTLYPPFPNLEHLFPHMPNNNQIINSPLMLIQVTRLKCGGFIFAYLFNHTMCDAAGLFQFLSAVGELARGAAVPSIMPVWERHLLSARQPPRVSFPHREFDDDVASGETPIPVEEMVERSFFFSAADISSLRRSLPPHLQSCTR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器