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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000063

染色体: Chr04 坐标: 571834-575997 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000063
名称SmilChr04G000063
描述probable plastid-lipid-associated protein 11, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向571834 - 575997 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021992
GeneID131021992
locus_tag-
NCBI NameLOC131021992
原始查询LOC131021992

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable plastid-lipid-associated protein 11, chloroplastic
产物probable plastid-lipid-associated protein 11%2C chloroplastic
ArabidopsisAT4G00030 (AT4G00030)
Plastid-lipid associated protein PAP / fibrillin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828231]
identity=59.8; qcov=0.932; evalue=1.94e-73; confidence=high
RiceOs04g0551700
-
identity=54; qcov=0.906; evalue=1.31e-58; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF04755 (PAP_fibrillin)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021992

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057807310.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057807310.1
3 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.20000 XP_057807310.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057807310.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807310.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:573946 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B89
Chr4:573946 C CT 1bp_insertion CDS_variant 1 B89
Chr4:574001 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 4 A2,A8,C15,C26
Chr4:574001 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,A8,C15,C26
Chr4:575618 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B66,B79,D4
Chr4:575851 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B45
Chr4:575897 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 A7
Chr4:575897 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 A7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807310.1
214 aa
N
1
107
214
PAP_fibrillin
C
PF04755 PAP_fibrillin 41-205 aa
XP_057807311.1
214 aa
N
1
107
214
PAP_fibrillin
C
PF04755 PAP_fibrillin 41-205 aa
XP_057807312.1
214 aa
N
1
107
214
PAP_fibrillin
C
PF04755 PAP_fibrillin 41-205 aa
XP_057807313.1
192 aa
N
1
96
192
PAP_fibrillin
C
PF04755 PAP_fibrillin 41-166 aa
XP_057807314.1
192 aa
N
1
96
192
PAP_fibrillin
C
PF04755 PAP_fibrillin 41-166 aa
XP_057807315.1
192 aa
N
1
96
192
PAP_fibrillin
C
PF04755 PAP_fibrillin 41-166 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807310.1 Pfam PF04755 PAP_fibrillin Family 41 205 3.9e-34 119.1 PAP_fibrillin
XP_057807311.1 Pfam PF04755 PAP_fibrillin Family 41 205 3.9e-34 119.1 PAP_fibrillin
XP_057807312.1 Pfam PF04755 PAP_fibrillin Family 41 205 3.9e-34 119.1 PAP_fibrillin
XP_057807313.1 Pfam PF04755 PAP_fibrillin Family 41 166 1e-28 101.4 PAP_fibrillin
XP_057807314.1 Pfam PF04755 PAP_fibrillin Family 41 166 1e-28 101.4 PAP_fibrillin
XP_057807315.1 Pfam PF04755 PAP_fibrillin Family 41 166 1e-28 101.4 PAP_fibrillin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XR_009101120.1
ATATATCTAGTATTTATTATTTTGGATAATTGAGATATTTTTTCTTCTAAGAAGCATGGCGACCACCTGCATTTTCCTTCCCTCCACTCCCAACTTCTCCCATTCCTCAAGCAGGAGCACCTCCGCCGTGACCCGCTCGTCCCTCACAGACCAGTCCCAGTCCCCCGCCGCCGCGGCCAAGCGTCGCCTCCTCAGCCTCATCTCCGGCCAAGAGCGCGGCCTCAAGACGCAATCCAATCCCCAGATGCTTTCCCAAATAG...
XR_009101119.1
ATATATCTAGTATTTATTATTTTGGATAATTGAGATATTTTTTCTTCTAAGAAGCATGGCGACCACCTGCATTTTCCTTCCCTCCACTCCCAACTTCTCCCATTCCTCAAGCAGGAGCACCTCCGCCGTGACCCGCTCGTCCCTCACAGACCAGTCCCAGTCCCCCGCCGCCGCGGCCAAGCGTCGCCTCCTCAGCCTCATCTCCGGCCAAGAGCGCGGCCTCAAGACGCAATCCAATCCCCAGATGCTTTCCCAAATAG...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131021992
ATGGCGACCACCTGCATTTTCCTTCCCTCCACTCCCAACTTCTCCCATTCCTCAAGCAGGAGCACCTCCGCCGTGACCCGCTCGTCCCTCACAGACCAGTCCCAGTCCCCCGCCGCCGCGGCCAAGCGTCGCCTCCTCAGCCTCATCTCCGGCCAAGAGCGCGGCCTCAAGACGCAATCCAATCCCCAGATGCTTTCCCAAATAGTCGACGCCATCGACTCCCTGGCCGCCGTCGGGCTCGGTAGCGTCACCACAGACGA...
LOC131021992
ATGGCGACCACCTGCATTTTCCTTCCCTCCACTCCCAACTTCTCCCATTCCTCAAGCAGGAGCACCTCCGCCGTGACCCGCTCGTCCCTCACAGACCAGTCCCAGTCCCCCGCCGCCGCGGCCAAGCGTCGCCTCCTCAGCCTCATCTCCGGCCAAGAGCGCGGCCTCAAGACGCAATCCAATCCCCAGATGCTTTCCCAAATAGTCGACGCCATCGACTCCCTGGCCGCCGTCGGGCTCGGTAGCGTCACCACAGACGA...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057807310.1
MATTCIFLPSTPNFSHSSSRSTSAVTRSSLTDQSQSPAAAAKRRLLSLISGQERGLKTQSNPQMLSQIVDAIDSLAAVGLGSVTTDESLSATWRMLWTTEKEQLFIIKNAPIFGSAAGDVLQVIDVEKKTLNNVITFPPDGVFFVRSDIQVASAQRVNFQFTSAVLRGKGWEFPLPPFGQGWFESLYIDDEIRVVKDIRKDYLVVERAPYSWKE
XP_057807311.1
MATTCIFLPSTPNFSHSSSRSTSAVTRSSLTDQSQSPAAAAKRRLLSLISGQERGLKTQSNPQMLSQIVDAIDSLAAVGLGSVTTDESLSATWRMLWTTEKEQLFIIKNAPIFGSAAGDVLQVIDVEKKTLNNVITFPPDGVFFVRSDIQVASAQRVNFQFTSAVLRGKGWEFPLPPFGQGWFESLYIDDEIRVVKDIRKDYLVVERAPYSWKE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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