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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000089

染色体: Chr04 坐标: 793844-808807 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000089
名称SmilChr04G000089
描述uncharacterized SmilChr04G000089
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向793844 - 808807 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022016
GeneID131022016
locus_tag-
NCBI NameLOC131022016
原始查询LOC131022016

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824223]; symbol=AT3G50590; hit=AT3G50590; species=arabidopsis; confidence=high
产物Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824223]; symbol=AT3G50590; hit=AT3G50590; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G50590 (AT3G50590)
Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824223]
identity=73.5; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0407950
-
identity=71.6; qcov=0.579; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0000045 (autophagosome assembly); GO:0000421 (autophagosome membrane); GO:0005515 (protein binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022016

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057807361.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057807361.1
3 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.40000 XP_057807361.1
4 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057807361.1
5 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057807361.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:794313 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,B52,C86,D11
Chr4:796701 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:796706 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:797220 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:798713 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B51
Chr4:801991 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B62
Chr4:802702 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:802704 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B70,C2
Chr4:802718 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr4:802934 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C27,C43
Chr4:804514 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C17,C79
Chr4:804745 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,B52,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951378.1
ATTTCGCATCATTAACTCTATCTAATTTTCATTTGAAAAAAAAGAAAAATCATTTTTTATGTAAAATAAACGTGTTTCCTTCTCTCTTTATTCTTCTTCCCAAACCGATTTTCTCTGTAATTTCTTCACTCTCCGGATTCCGGCGGTTCAGAGGGAAAAAGAAAAAAACTTGGTGCGGGCTTTAGCCCACTGCTGGATCCGATCTCGAATTTTCATTTCTTCAGTAGCTTGAACCTCTCAAACCACGGATCTTCTTTATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022016
ATGGAGTGGGCCACCGTGCACCATCTGGATCTACGGCATGCCGGTCGGAGCTCCAAACCCTTACAACCCCACGCCGCTGCATTCCACCCGACGCAGGCGTTCGTCTCCGCCGCCATCGGCACTCATATCATAGAGTTCGATGCTTACACGGGGAGTAAGATCGCGTCTGTGGACATAGGCTCACCTGTTGTTCGCATGGCTTATAGCCCCACGGCTGGCCATTCGCTCGTTGCTGTGCTTGAGGATTGTACAATCCGTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807361.1
MEWATVHHLDLRHAGRSSKPLQPHAAAFHPTQAFVSAAIGTHIIEFDAYTGSKIASVDIGSPVVRMAYSPTAGHSLVAVLEDCTIRSCDFDTEQTCVLHSPEKRTEQISIDTEVHLALTPLQPVVFFGFHKKMSVTVVGTVVGGKAPTKIKTDLKKPIVNLACHPRLPVLYVAYQDGLVRAYNIHTYAVLYTLQLDNTIRLQGAGAFAFHPTLEWIFVGDRRGTILAWDVSTERPIMIGITQAGSQPITSLSWLPMLRLL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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