Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000111`

染色体: Chr04 坐标: 972628-975632 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000111`
名称	SmilChr04G000111
描述	40S ribosomal protein S13
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	972628 - 975632 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022041`
GeneID	`131022041`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022041`
原始查询	`LOC131022041`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	40S ribosomal protein S13
产物	40S ribosomal protein S13
Arabidopsis	`AT4G00100` (RPS13A) ribosomal protein S13A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828167] identity=95.4; qcov=1; evalue=1.44e-103; confidence=high
Rice	`Os08g0117300` - identity=88.7; qcov=1; evalue=8.74e-95; confidence=high
GO	GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005730 (nucleolus); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation); GO:0022627 (cytosolic small ribosomal subunit); GO:0070181 (small ribosomal subunit rRNA binding)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00312 (Ribosomal_S15); PF08069 (Ribosomal_S13_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022041

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057807390.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057807391.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057807390.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807390.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807390.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:974937`	`CCA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B60,B98
`Chr4:974937`	`CCA`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B60,B98
`Chr4:974993`	`CTG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	C49,C62
`Chr4:974993`	`CTG`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	2	C49,C62
`Chr4:974997`	`CAG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	C49,C62
`Chr4:974997`	`CAG`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	2	C49,C62
`Chr4:975096`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	153	A11,A15,A19,A2,A22,A24,A6,A9,B1,B10,B100,B101,B103,B105,B106,B108,B11,B111,B115,B117,B118,B12,B124,B125,B127,B13,B130,B131,B133,B134,B137,B140,B16,B17,B18,B19,B20,B24,B25,B27,B30,B31,B32,B33,B34,B4,B40,B41,B42,B43,B45,B47,B48,B49,B51,B53,B56,B57,B58,B59,B61,B62,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B74,B75,B76,B78,B79,B80,B81,B85,B86,B88,B90,B92,B93,B96,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C26,C27,C29,C31,C35,C36,C37,C39,C4,C40,C43,C44,C45,C46,C48,C50,C52,C58,C59,C6,C60,C63,C64,C65,C66,C69,C7,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C82,C85,C86,C87,C9,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8
`Chr4:975123`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B100,B140,C79
`Chr4:975123`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B100,B140,C79
`Chr4:975218`	`TCC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	11	A2,A25,B100,B40,B53,C12,C18,C48,C62,C79,D7
`Chr4:975283`	`GTC`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	5	B53,B93,C27,C62,D10
`Chr4:975283`	`GTC`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	5	B53,B93,C27,C62,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807390.1

166 aa

166

Ribosomal_S13_N

Ribosomal_S15

PF08069 Ribosomal_S13_N 1-60 aa PF00312 Ribosomal_S15 109-160 aa

XP_057807391.1

151 aa

151

Ribosomal_S13_N

Ribosomal_S15

PF08069 Ribosomal_S13_N 1-60 aa PF00312 Ribosomal_S15 74-146 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807390.1`	Pfam	`PF08069`	Ribosomal_S13_N	Domain	1	60	6.5e-32	110.1	Ribosomal S13/S15 N-terminal domain
`XP_057807390.1`	Pfam	`PF00312`	Ribosomal_S15	Domain	109	160	7.6e-14	52.4	Ribosomal protein S15
`XP_057807391.1`	Pfam	`PF08069`	Ribosomal_S13_N	Domain	1	60	5.3e-32	110.4	Ribosomal S13/S15 N-terminal domain
`XP_057807391.1`	Pfam	`PF00312`	Ribosomal_S15	Domain	74	146	1.9e-15	57.5	Ribosomal protein S15

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951408.1
ATCAAGGACTGAATTGCAAATATGCGCGAGACATATATAAAAACCCCTTTCACTACCGATTTTACGTTCATCGCTCTAGGGTTTTGTACAGCTTCTCGCTTCAACAGCTGATCAGCTAGCCTCCGCCGCCGCACTCCGCCGGGCCGCCAAATTCAGCCGCCACCATGGGTCGTATGCACAGCCGAGGTAAGGGTATTTCAGCGTCTGCACTTCCGTACAAGAGAACGCCCCCGAGCTGGCTCAAAATCTCTTCCCAGGAT...

XM_057951407.1
CGAGACATATATAAAAACCCCTTTCACTACCGATTTTACGTTCATCGCTCTAGGGTTTTGTACAGCTTCTCGCTTCAACAGCTGATCAGCTAGCCTCCGCCGCCGCACTCCGCCGGGCCGCCAAATTCAGCCGCCACCATGGGTCGTATGCACAGCCGAGGTAAGGGTATTTCAGCGTCTGCACTTCCGTACAAGAGAACGCCCCCGAGCTGGCTCAAAATCTCTTCCCAGGATGTTGAAGAAAACATTTGTAAGTTTGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131022041
ATGGGTCGTATGCACAGCCGAGGTAAGGGTATTTCAGCGTCTGCACTTCCGTACAAGAGAACGCCCCCGAGCTGGCTCAAAATCTCTTCCCAGGATGTTGAAGAAAACATTTGTAAGTTTGCCAAAAAGGGCCTTACTCCATCCCAGATTGGTGTTATTCTCCGTGATTCTCATGGCATTGCCCAAGTGAAGAGTGTTACTGGCAGCAAGATCTTGAGGATTCTCAAGGCCCATGGGCTTGCTCCTGAGATTCCCGAGGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057807390.1
MGRMHSRGKGISASALPYKRTPPSWLKISSQDVEENICKFAKKGLTPSQIGVILRDSHGIAQVKSVTGSKILRILKAHGMSVQVPSSCPRPNSSPLQFYNFVSTGLAPEIPEDLYHLIKKAVAIRKHLERNRKDKDSKFRLILVESRIHRLARYYKKTKKLPPVWK

XP_057807391.1
MGRMHSRGKGISASALPYKRTPPSWLKISSQDVEENICKFAKKGLTPSQIGVILRDSHGIAQVKSVTGSKILRILKAHGLAPEIPEDLYHLIKKAVAIRKHLERNRKDKDSKFRLILVESRIHRLARYYKKTKKLPPVWKYESTTASTLVA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器