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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000137

染色体: Chr04 坐标: 1175889-1178517 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000137
名称SmilChr04G000137
描述phenolic glucoside malonyltransferase 1-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向1175889 - 1178517 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022068
GeneID131022068
locus_tag-
NCBI NameLOC131022068
原始查询LOC131022068

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phenolic glucoside malonyltransferase 1-like
产物phenolic glucoside malonyltransferase 1-like
ArabidopsisAT3G29670 (PMAT2)
HXXXD-type acyl-transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822645]
identity=34; qcov=1.03; evalue=2.7e-75; confidence=low
RiceOs02g0820400
-
identity=34.4; qcov=0.963; evalue=1.93e-70; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF02458 (Transferase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022068

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057807431.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057807431.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057807431.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807431.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807431.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:1176425 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,B117,B62,B68
Chr4:1176465 ACT A 2bp_deletion frameshift_variant 4 B108,B19,C2,C49
Chr4:1176465 ACT A 2bp_deletion CDS_variant 4 B108,B19,C2,C49
Chr4:1176480 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B91,C39
Chr4:1176653 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B51,D9
Chr4:1176754 AGG A 2bp_deletion frameshift_variant 19 A15,B1,B102,B103,B114,B119,B126,B17,B18,B33,B35,B41,B78,B86,C27,C31,C39,C65,D2
Chr4:1176755 GGC G 2bp_deletion frameshift_variant 25 A21,B101,B106,B118,B137,B2,B25,B42,B43,B5,B60,B71,B77,B8,C11,C21,C37,C45,C62,C7,C74,C75,C78,C79,C82
Chr4:1176766 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,B53
Chr4:1176823 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B103,B25,B33,C21,C78
Chr4:1176833 T TCA 2bp_insertion frameshift_variant 1 B33
Chr4:1176833 T TCA 2bp_insertion CDS_variant 1 B33
Chr4:1176847 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807431.1
465 aa
N
1
232
465
Transferase
C
PF02458 Transferase 13-457 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807431.1 Pfam PF02458 Transferase Family 13 457 4e-44 151.7 Transferase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951448.1
GATAAAACCTTGGTCCGAATGATATAAATAAATTTAGTGGAAAGTGAAATAGAACTGATGACGCAGCAAAATGAGTAGAGTTCAACTACAATACGAAGGGAATTCTTTAAAATGCAAAAGAGGTGATTTTAGGTGTAACTATAGTGTAAAGGTTGCGGATTAGAACTTCATGCCACGAATCGATCATGTTGTATGATGCAGCATGCTAGACCTGAGGTTTGTCAAAATTGACGATTTAAATTAAGTTGATAGACACAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022068
ATGACGGCGACCACCAAAACCCTTTCCGTCCTCCACCGCGGCGGCGTCGCTCCGGCGAGCGACGCGGCGGAGCAGCGCCTCCCTCTCACTTACTTCGACATGTTCTGGCTCTACTTTCACCCTATCGAGCGCCTTTTCTTCTACAAACACCCTTGCTCCGTCGCCGATTTCACCGACAACATCGTTCCACAACTGAGAAACTCTCTCTCCCAAACGCTCAGCCACTACCTCCCCCTCGCCGGCAACTTATTCCGCCCCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807431.1
MTATTKTLSVLHRGGVAPASDAAEQRLPLTYFDMFWLYFHPIERLFFYKHPCSVADFTDNIVPQLRNSLSQTLSHYLPLAGNLFRPLDSSMPELRYSSGDSVAVTFAEYSEAADFEYLTGNQAREADEFHLFVPQLPESTTDSESGCQKFPLLAIKVTLFPATGIVIGVTNHHVAGDASSIVGFLKAWSSTVKLGGEGDFEQLARNNALPFYDRSVIRDPTARAEIYWNQMRSIKLGESQPGSITPTNKVRETFILQKTD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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