当前解析结果
SmilChr04G000166| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000166 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000166 |
| 描述 | protein NRT1/ PTR FAMILY 4.5-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 1491872 - 1497757 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131022094 |
|---|---|
| GeneID | 131022094 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022094 |
| 原始查询 | LOC131022094 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein NRT1/ PTR FAMILY 4.5-like |
| 产物 | protein NRT1/ PTR FAMILY 4.5-like |
| Arabidopsis | AT1G59740 (AT1G59740)Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842267] identity=42.9; qcov=0.934; evalue=1.57e-145; confidence=medium |
| Rice | Os01g0748950- identity=44.8; qcov=0.961; evalue=8.83e-167; confidence=medium |
| GO | GO:0016020 (membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00854 (PTR2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022094 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057807470.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057807470.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057807470.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057807470.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057807470.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:1492076 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr4:1492146 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C80,D5 |
Chr4:1492161 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C80,D5 |
Chr4:1492392 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C72 |
Chr4:1492422 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C16,C62,C64 |
Chr4:1492527 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr4:1492534 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C29 |
Chr4:1492575 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B86,C10,C49 |
Chr4:1492904 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B108 |
Chr4:1492927 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A7,B108,B140 |
Chr4:1492935 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A7,B108,B140 |
Chr4:1492941 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B119,B23,B93,C38,C76 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057807470.1PF00854
PTR2 91-505 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057807470.1 |
Pfam | PF00854 |
PTR2 | Family | 91 | 505 | 2.9e-78 | 264.2 | POT family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。