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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000175

染色体: Chr04 坐标: 1574599-1580240 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000175
名称SmilChr04G000175
描述uncharacterized SmilChr04G000175
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向1574599 - 1580240 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022102
GeneID131022102
locus_tag-
NCBI NameLOC131022102
原始查询LOC131022102

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os04g0543200; species=rice; confidence=high
产物hit=Os04g0543200; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT2G44710 (AT2G44710)
RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819079]
identity=65.4; qcov=0.586; evalue=2.64e-159; confidence=medium
RiceOs04g0543200
-
identity=61.6; qcov=0.93; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003729 (mRNA binding); GO:0005634 (nucleus)
KEGG-
PfamPF00076 (RRM_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022102

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057807482.1
2 Nuclear speckle 核斑点 0.80000 XP_057807482.1
3 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057807482.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807482.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807482.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:1575808 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B6,C67
Chr4:1575810 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B60,C60
Chr4:1575814 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B123
Chr4:1575814 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B123
Chr4:1575817 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B123,B9
Chr4:1576021 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B6,C67
Chr4:1576030 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B6,C67
Chr4:1576634 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B115,B67
Chr4:1577485 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B120,B133,B95,C68
Chr4:1577497 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B102,B133,B95,C68
Chr4:1577498 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C15,C5,C55
Chr4:1577613 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B15,B50,B95,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807482.1
711 aa
N
1
356
711
RRM_1
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 131-199 aa PF00076 RRM_1 211-277 aa PF00076 RRM_1 308-373 aa
XP_057807483.1
700 aa
N
1
350
700
RRM_1
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 120-188 aa PF00076 RRM_1 200-266 aa PF00076 RRM_1 297-362 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807482.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 131 199 2.6e-43 146.5 RNA recognition motif
XP_057807482.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 211 277 2.6e-43 146.5 RNA recognition motif
XP_057807482.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 308 373 2.6e-43 146.5 RNA recognition motif
XP_057807483.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 120 188 2.4e-43 146.5 RNA recognition motif
XP_057807483.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 200 266 2.4e-43 146.5 RNA recognition motif
XP_057807483.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 297 362 2.4e-43 146.5 RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951500.1
CGTACGAAAAACAGATTTTCTCAATCTTCATTGCTAGGGTTTCTCTTTATATCCCTCTCTCGCTTTGCGCATACGCTTCATACACCTACTTTTTAATCTATACTGATCCTAATTCCGATTAATTTTTATTTTCGATTTGCCGATTTCCGGATTTTTCTTGTTTTTACTGTCAAATTATCGCGACTCTGATCGGAAAAAGGATGCCACCGAGATCGACGAAGAAAACTCCGCCGGGGCCCGGGAGCAAGAGAGCTCTGCGG...
XM_057951499.1
CGTACGAAAAACAGATTTTCTCAATCTTCATTGCTAGGGTTTCTCTTTATATCCCTCTCTCGCTTTGCGCATACGCTTCATACACCTACTTTTTAATCTATACTGATCCTAATTCCGATTAATTTTTATTTTCGATTTGCCGATTTCCGGATTTTTCTTGTTTTTACTGTCAAATTATCGCGACTCTGATCGGAAAAAGGATGCCACCGAGATCGACGAAGAAAACTCCGCCGGGGCCCGGGAGCAAGAGAGCTCTGCGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131022102
ATGATGCGACTTTCCTGTTTTATCCGGCAGAGGATGAAGATCCTAAAGAGTCCAGTAGATGAGTATGAGAAAGATGAGCGATTAGACTTGGAGGATAATGATCCTGAATATGAACCTGAAGAGTATGGTGGTGTAGATTATGATGAGAAGGAAATTGAGCCAGATCTGCACGAAGATGTAGGTGAGGTGGAGGAAGATCCTGAAGAATTGGATGTTGGTGAAGAAGAGGGTGATGTGGTTGAGGAGGAAATGGATGGTAT...
LOC131022102
ATGAAGATCCTAAAGAGTCCAGTAGATGAGTATGAGAAAGATGAGCGATTAGACTTGGAGGATAATGATCCTGAATATGAACCTGAAGAGTATGGTGGTGTAGATTATGATGAGAAGGAAATTGAGCCAGATCTGCACGAAGATGTAGGTGAGGTGGAGGAAGATCCTGAAGAATTGGATGTTGGTGAAGAAGAGGGTGATGTGGTTGAGGAGGAAATGGATGGTATGCATGAAGAACTTGAACATGAGGAAGATGACGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057807482.1
MMRLSCFIRQRMKILKSPVDEYEKDERLDLEDNDPEYEPEEYGGVDYDEKEIEPDLHEDVGEVEEDPEELDVGEEEGDVVEEEMDGMHEELEHEEDDEHVGQEQTEMGYAAEEEEHHEVFKERRKRKEFEIFVGGLDKDATEADLRKVFSDVGEVTEVRLMMNPQTKKNKGFAFLRFATVEQARRACASLKNPVVCGKQCGVTPSQDSDTLFLGNICRSWTKEALKERLKHYGLENVEDLTLVEDSNNVGMNRGFAFLEF...
XP_057807483.1
MKILKSPVDEYEKDERLDLEDNDPEYEPEEYGGVDYDEKEIEPDLHEDVGEVEEDPEELDVGEEEGDVVEEEMDGMHEELEHEEDDEHVGQEQTEMGYAAEEEEHHEVFKERRKRKEFEIFVGGLDKDATEADLRKVFSDVGEVTEVRLMMNPQTKKNKGFAFLRFATVEQARRACASLKNPVVCGKQCGVTPSQDSDTLFLGNICRSWTKEALKERLKHYGLENVEDLTLVEDSNNVGMNRGFAFLEFSSRSDAMDAFK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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