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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000179

染色体: Chr04 坐标: 1589284-1608742 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000179
名称SmilChr04G000179
描述uncharacterized SmilChr04G000179
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向1589284 - 1608742 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022106
GeneID131022106
locus_tag-
NCBI NameLOC131022106
原始查询LOC131022106

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859]; symbol=MUG7; hit=AT3G05850; species=arabidopsis; confidence=weak
产物MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859]; symbol=MUG7; hit=AT3G05850; species=arabidopsis; confidence=weak
ArabidopsisAT3G05850 (MUG7)
MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859]
identity=24.4; qcov=0.954; evalue=1.28e-59; confidence=weak
RiceOs12g0597300
-
identity=26.6; qcov=0.666; evalue=9.28e-55; confidence=low
GOGO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF00872 (Transposase_mut); PF04434 (SWIM); PF10551 (MULE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022106

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057807487.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057807487.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807488.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807488.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057807488.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:1590524 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B37
Chr4:1590524 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B37
Chr4:1590529 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,B19
Chr4:1590548 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B37,C30
Chr4:1590549 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B62,B89,D3
Chr4:1590551 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C46,D11
Chr4:1590554 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 5 B109,B118,B134,B25,B98
Chr4:1590554 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B109,B118,B134,B25,B98
Chr4:1590576 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B62,B89,D3
Chr4:1590609 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B18,B42,C63,D1
Chr4:1590613 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B58,B84,C16,C46,D3
Chr4:1590617 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B113,C18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807487.1
887 aa
N
1
444
887
Transposase_mut
MULE
SWIM
C
PF00872 Transposase_mut 463-563 aa PF10551 MULE 464-558 aa PF04434 SWIM 707-737 aa
XP_057807488.1
851 aa
N
1
426
851
Transposase_mut
MULE
SWIM
C
PF00872 Transposase_mut 427-527 aa PF10551 MULE 428-522 aa PF04434 SWIM 671-701 aa
XP_057807489.1
851 aa
N
1
426
851
Transposase_mut
MULE
SWIM
C
PF00872 Transposase_mut 427-527 aa PF10551 MULE 428-522 aa PF04434 SWIM 671-701 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807487.1 Pfam PF00872 Transposase_mut Family 463 563 8.3e-11 42.1 Transposase, Mutator family
XP_057807487.1 Pfam PF10551 MULE Domain 464 558 5.7e-21 75.4 MULE transposase domain
XP_057807487.1 Pfam PF04434 SWIM Domain 707 737 3.8e-07 30.2 SWIM zinc finger
XP_057807488.1 Pfam PF00872 Transposase_mut Family 427 527 7.7e-11 42.2 Transposase, Mutator family
XP_057807488.1 Pfam PF10551 MULE Domain 428 522 1e-20 74.7 MULE transposase domain
XP_057807488.1 Pfam PF04434 SWIM Domain 671 701 3.6e-07 30.3 SWIM zinc finger
XP_057807489.1 Pfam PF00872 Transposase_mut Family 427 527 7.7e-11 42.2 Transposase, Mutator family
XP_057807489.1 Pfam PF10551 MULE Domain 428 522 1e-20 74.7 MULE transposase domain
XP_057807489.1 Pfam PF04434 SWIM Domain 671 701 3.6e-07 30.3 SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951506.1
GCCCTGCATGTATTTCTAAATGTGCAGGTTGAGCAGCTGATGGAATGGAATGATGTTGAGCGGGTGTTCCTTTGACATTTCAAGAAATGTAACCTTGAGTATACATCTTCATATGTATATCTCACACGTTTTCCGCTGCAAAACACTTTGATTAGGATAGCTCTATGTTATGAAGTTGTTATACGTGTTATTGGATGTCGTTTCAAGCAATCGTTATACGGCACAGTGGTCAGTGGAAATTAACCGAGTATGAAGGAGGC...
XM_057951505.1
TGAGCAGCTGATGGAATGGAATGATGTTGAGCGGGTGTTCCTTTGACATTTCAAGAAATGTAACCTTGAGTATACATCTTTATATGTATATCTCACACGTTTTCCGCTGCAAAACACTTTGATTAGGATAGCTCTATGTTATGAAGTTGTTATACGTGTTATTGGATGTCGTTTCAAGCAATCGTTATACGGCACAGTGGTCAGTGGAAATTAACCGAGTATGAAGGAGGCGATGAGGTTGTCGTGTACATGTCTAAGGA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131022106
ATGATTTTGATGTTATTTTTAGCATGTTTGTATATTCAGTTGATGTATTGGGGTACACGGTTTCCTGTTTGTGTATTTAAATGTTGTATTTTTGTCGTTTTGAAGCAGATGTCGTTTCAAGCAATCGTTATACGGCACAGTGGTCAGTGGAAATTAACCGAGTATGAAGGAGGCGATGAGGTTGTCGTGTACATGTCTAAGGAAGACCTTTGTCATGCGAAGTTGATGCAAGAGGTGCACGATCAATTAAACGAGGATGG...
LOC131022106
ATGTCGTTTCAAGCAATCGTTATACGGCACAGTGGTCAGTGGAAATTAACCGAGTATGAAGGAGGCGATGAGGTTGTCGTGTACATGTCTAAGGAAGACCTTTGTCATGCGAAGTTGATGCAAGAGGTGCACGATCAATTAAACGAGGATGGTCGATCCACTTATATGCTTTTCTACACATCGACCACGGACGAAGGGCGAAAAATAAAAGTGGCTTTGAAGACTGATTCGGATTTGAACCGGCTGATTTCCGAGCATAA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057807487.1
MILMLFLACLYIQLMYWGTRFPVCVFKCCIFVVLKQMSFQAIVIRHSGQWKLTEYEGGDEVVVYMSKEDLCHAKLMQEVHDQLNEDGRSTYMLFYTSTTDEGRKIKVALKTDSDLNRLISEHKKYPVVYVIEKGKQSAAPVPQTQERVYYEGHRSTMFPIETDIGRSIPTHDDSRDDSSSQEEEDESESSDEEEEAIRRREILDSVSTEQEAWRQTGPQNFTSDDQPDVEPRVGVQQLEARDWGIPVLDFDDAPALGWED...
XP_057807488.1
MSFQAIVIRHSGQWKLTEYEGGDEVVVYMSKEDLCHAKLMQEVHDQLNEDGRSTYMLFYTSTTDEGRKIKVALKTDSDLNRLISEHKKYPVVYVIEKGKQSAAPVPQTQERVYYEGHRSTMFPIETDIGRSIPTHDDSRDDSSSQEEEDESESSDEEEEAIRRREILDSVSTEQEAWRQTGPQNFTSDDQPDVEPRVGVQQLEARDWGIPVLDFDDAPALGWEDSNVLESGILSVGALFRSKDDLAIAVGLYHMENHVEY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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