Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000180`

染色体: Chr04 坐标: 1594206-1597812 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000180`
名称	SmilChr04G000180
描述	casein kinase II subunit beta-1-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	1594206 - 1597812 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022107`
GeneID	`131022107`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022107`
原始查询	`LOC131022107`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	casein kinase II subunit beta-1-like
产物	casein kinase II subunit beta-1-like
Arabidopsis	`AT5G47080` (CKB1) casein kinase II beta chain 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834754] identity=76.6; qcov=1.03; evalue=1.61e-160; confidence=high
Rice	`Os10g0564900` - identity=75.8; qcov=0.993; evalue=1.69e-158; confidence=high
GO	GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005956 (protein kinase CK2 complex); GO:0019887 (protein kinase regulator activity); GO:0080163 (GO:0080163)
KEGG	smil03008 (Ribosome biogenesis in eukaryotes - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03083 (Polycomb repressive complex - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04712 (Circadian rhythm - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01214 (CK_II_beta)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022107

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057807490.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.80000	`XP_057807490.1`
3	Nuclear body	核内小体	0.20000	`XP_057807490.1`
4	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057807490.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807490.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:1595482`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B131,B66,B85
`Chr4:1596458`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr4:1597414`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B24,B55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807490.1

288 aa

144

288

CK_II_beta

PF01214 CK_II_beta 101-284 aa

XP_057807491.1

287 aa

144

287

CK_II_beta

PF01214 CK_II_beta 101-283 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807490.1`	Pfam	`PF01214`	CK_II_beta	Domain	101	284	4.8e-77	258.6	Casein kinase II regulatory subunit
`XP_057807491.1`	Pfam	`PF01214`	CK_II_beta	Domain	101	283	1.3e-76	257.2	Casein kinase II regulatory subunit

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951507.1
AGATTAAGAGCCTATGAAATAAGTAATAAATAAATGGAATAAGCAAGCATAACAAAATTTAAAACAAGTAGTTGCAATGTGTAAAAAAGGAAAAGCAGTTAAAATGAGAAAGAAATGATAGCCCATTTTCTCTCTTTATGTGGAACAAATTGAATGAAACCCTAGTTCTCTCCGTCTCGTTTCGTTTCCCCACACACACAACTGTGCAAATCTAACAATTTTCGCCTATTTTTCATTTGCTCAGACCTACAATAGATTCC...

XM_057951508.1
AAGTAGTTGCAATGTGTAAAAAAGGAAAAGCAGTTAAAATGAGAAAGAAATGATAGCCCATTTTCTCTCTTTATGTGGAACAAATTGAATGAAACCCTAGTTCTCTCCGTCTCGTTTCGTTTCCCCACACACACAACTGTGCAAATCTAACAATTTTCGCCTATTTTTCATTTGCTCAGACCTACAATAGATTCCGTCGGAAAAGTTGATGATTTTGGGGATTAGATTTTCCCAATTTTGATATGAACATGTACAGAGAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131022107
ATGAACATGTACAGAGATCGAGGGGGAGGTGGCTCATCCAAGGCCGGAGAGATGTTGGATCGGAAGCGAATCAACGATGCGCTCGACAAACATTTGGAGAAATCGTCGCCTTCCACATCCAGAAACAAGGGTTCCGCCGTCGCGGTGCCATCCACCTCCGCCGCTGCCGGGAAGCATGTTGATCTCAGGGACAACCGTTCTTCATCCGCCCTCACCGCCAGCAAGAACAAGCTCTCCGATGAGGAATCTGAAACAGACAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057807490.1
MNMYRDRGGGGSSKAGEMLDRKRINDALDKHLEKSSPSTSRNKGSAVAVPSTSAAAGKHVDLRDNRSSSALTASKNKLSDEESETDSEESDVSGSDGDDTSWVSWFCNLRGNEFFCEVDDEYIQDDFNLCGLSSQVPYYDYALDLILDVESSHGDMFTEEQNELIESAAEMLYGLIHVRYILTSKGMAAMLEKYKNYDFGRCPRVYCCGQPCLPVGQSDIPRSSTVKIYCPKCDDIYYPRSKYQGNIDGAYFGTTFPHLF...

XP_057807491.1
MNMYRDRGGGGSSKAGEMLDRKRINDALDKHLEKSSPSTSRNKGSAVAVPSTSAAAGKHVDLRDNRSSSALTASKNKLSDEESETDSEESDVSGSDGDDTSWVSWFCNLRGNEFFCEVDDEYIQDDFNLCGLSSQVPYYDYALDLILDVESSHGDMFTEEQNELIESAAEMLYGLIHVRYILTSKGMAAMLEKYKNYDFGRCPRVYCCGQPCLPVGQSDIPRSSTVKIYCPKCDDIYYPRSKYQDIDGAYFGTTFPHLFL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器