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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000195

染色体: Chr04 坐标: 1724233-1725143 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000195
名称SmilChr04G000195
描述FCS-Like Zinc finger 3-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向1724233 - 1725143 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022124
GeneID131022124
locus_tag-
NCBI NameLOC131022124
原始查询LOC131022124

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述FCS-Like Zinc finger 3-like
产物FCS-Like Zinc finger 3-like
ArabidopsisAT2G44670 (AT2G44670)
senescence-associated family protein (DUF581) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819075]
identity=54.3; qcov=0.981; evalue=1.57e-32; confidence=medium
RiceOs04g0585700
-
identity=49.3; qcov=0.682; evalue=4.17e-22; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF04570 (zf-FLZ)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022124

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057807517.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057807517.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807517.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807517.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057807517.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:1724846 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807517.1
107 aa
N
1
54
107
zf-FLZ
C
PF04570 zf-FLZ 15-61 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807517.1 Pfam PF04570 zf-FLZ Domain 15 61 9.6e-24 83.3 zinc-finger of the FCS-type, C2-C2

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951534.1
AGCCCATTTATCCAGGTAGTCCGCGTGACACCTGAGCGGAGCTCCTCCCCAGTCCATGGCCTCCCTTTTCCTATAAAACGCCACTTGCCCACATCGTATTGCTTCCCCTCCACTCGCAACTTTCTCACCCCCTATCAATTGCATCAATCCCACCACCGTCGCCACCACCGCCACCGCCGCTGCAACCATGGGCTCAGCCGCAGCATATTACTACACCGGATGCGAGCACGACTACCAACCGCACTTCCTCGATTCCTGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022124
ATGGGCTCAGCCGCAGCATATTACTACACCGGATGCGAGCACGACTACCAACCGCACTTCCTCGATTCCTGCTCGCTCTGCCGCAGACCGCTCAGCCAAAACAGCGACATCTTCATGTACAGAGGGAACACGCCGTTCTGTAGCCAAGAGTGCAGACAGGAACAGATAGAGATGGATGAGGCGATGGAGAAGAAATGGAAGATGTCGTCGTCTTCCTCGTCGTCTTCGTCGAAGAGATCGAGCGCTGTGAGACAGACCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807517.1
MGSAAAYYYTGCEHDYQPHFLDSCSLCRRPLSQNSDIFMYRGNTPFCSQECRQEQIEMDEAMEKKWKMSSSSSSSSSKRSSAVRQTSDSAKEYDTNKAVRTGTVAVA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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