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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000197

染色体: Chr04 坐标: 1770448-1773316 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000197
名称SmilChr04G000197
描述uncharacterized SmilChr04G000197
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向1770448 - 1773316 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022126
GeneID131022126
locus_tag-
NCBI NameLOC131022126
原始查询LOC131022126

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Aminotransferase-like, plant mobile domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831969]; symbol=AT5G18510; hit=AT5G18510; species=arabidopsis; confidence=weak
产物Aminotransferase-like, plant mobile domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831969]; symbol=AT5G18510; hit=AT5G18510; species=arabidopsis; confidence=weak
ArabidopsisAT5G18510 (AT5G18510)
Aminotransferase-like, plant mobile domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831969]
identity=20.8; qcov=0.532; evalue=2.59e-10; confidence=weak
RiceOs03g0565300
-
identity=25.4; qcov=0.254; evalue=1.52e-06; confidence=weak
GO-
KEGG-
PfamPF10536 (PMD)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022126

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057807520.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807520.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807520.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057807520.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057807520.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:1770483 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr4:1770500 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B90
Chr4:1770533 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr4:1770801 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C7
Chr4:1771000 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 83 A14,A15,A18,A19,A2,A21,A23,A8,B102,B105,B106,B11,B112,B118,B123,B128,B135,B136,B139,B16,B17,B18,B23,B29,B3,B30,B31,B40,B43,B45,B49,B53,B56,B59,B6,B61,B66,B68,B69,B70,B73,B76,B80,B81,B87,B88,B90,B91,B95,B96,C11,C12,C13,C14,C15,C18,C21,C30,C34,C35,C36,C37,C39,C4,C40,C41,C43,C45,C47,C51,C55,C63,C7,C74,C76,C78,C81,C86,C87,D2,D4,D7,D9
Chr4:1771002 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B52
Chr4:1771073 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,A19
Chr4:1771106 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr4:1771388 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr4:1771398 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B20
Chr4:1771665 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr4:1771686 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807520.1
822 aa
N
1
411
822
PMD
C
PF10536 PMD 310-553 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807520.1 Pfam PF10536 PMD Domain 310 553 4.5e-28 99.2 Plant mobile domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951537.1
CTTGCAGTGTCATGATGGTGGTCTTCAAAGATATTGTGGTCAAGGGTCAAGACTATTTGCTGATTTTGAGTGATGATGAGCAAGAGACGGAAATGGGCATGCATCTAAGAGTATTTCCGGCATTGATAGGCCACTATGTGAAACCTTGGCCCAAACTTTTGAATTCTCTATATCAGTCGGAATGGACCAGCGAGATCAGTTTGAACAAAGCGTCGAAGGCTCATACATTGCATCCGGCCCGTCCTTGGCAAAGCAAGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022126
ATGATGGTGGTCTTCAAAGATATTGTGGTCAAGGGTCAAGACTATTTGCTGATTTTGAGTGATGATGAGCAAGAGACGGAAATGGGCATGCATCTAAGAGTATTTCCGGCATTGATAGGCCACTATGTGAAACCTTGGCCCAAACTTTTGAATTCTCTATATCAGTCGGAATGGACCAGCGAGATCAGTTTGAACAAAGCGTCGAAGGCTCATACATTGCATCCGGCCCGTCCTTGGCAAAGCAAGGAATCCAATTTTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807520.1
MMVVFKDIVVKGQDYLLILSDDEQETEMGMHLRVFPALIGHYVKPWPKLLNSLYQSEWTSEISLNKASKAHTLHPARPWQSKESNFLLTLRRRIIDKDAKWGRVTSFRGEFHFFEGYWEWTEDILSRCGNELRVVGIYDAVYASLFTYDCQPEMVKAFCEAWCPATNTILTSFGEMSISLWDLQYLSGLPCTGTLYDEVVPCAKEILGKDQFGNPFIPLSCRYLLSAYYSLKHRDGKDPKSSVSIDEWIKFWSKKASKYS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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