当前解析结果
SmilChr04G000201| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000201 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000201 |
| 描述 | 10 kDa chaperonin 1, chloroplastic |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 1792671 - 1795130 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131022129 |
|---|---|
| GeneID | 131022129 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022129 |
| 原始查询 | LOC131022129 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | 10 kDa chaperonin 1, chloroplastic |
| 产物 | 10 kDa chaperonin 1%2C chloroplastic |
| Arabidopsis | AT3G60210 (AT3G60210)GroES-like family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825191] identity=66.9; qcov=1.01; evalue=3.13e-62; confidence=high |
| Rice | Os10g0566700 (OSJNBa0057L21.3)- identity=74.8; qcov=0.736; evalue=2.21e-52; confidence=high |
| GO | GO:0005524 (ATP binding); GO:0005759 (mitochondrial matrix); GO:0044183 (protein folding chaperone); GO:0046872 (metal ion binding); GO:0051082 (GO:0051082); GO:0051085 (GO:0051085); GO:0051087 (protein-folding chaperone binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00166 (Cpn10) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022129 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057807523.1 |
| 2 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 1.00000 | XP_057807523.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057807523.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057807523.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057807523.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:1794250 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B135,B59,C26,C57 |
Chr4:1794271 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B131,B72,C45,C48,C75 |
Chr4:1794409 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B31,B61,C82 |
Chr4:1794570 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057807523.1PF00166
Cpn10 53-139 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057807523.1 |
Pfam | PF00166 |
Cpn10 | Domain | 53 | 139 | 1.2e-16 | 61.2 | Chaperonin 10 Kd subunit |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。