Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000206`

染色体: Chr04 坐标: 1830424-1833894 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000206`
名称	SmilChr04G000206
描述	ras-related protein RABH1b
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	1830424 - 1833894 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022135`
GeneID	`131022135`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022135`
原始查询	`LOC131022135`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ras-related protein RABH1b
产物	ras-related protein RABH1b
Arabidopsis	`AT2G44610` (RAB6A) Ras-related small GTP-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819069] identity=94.7; qcov=1; evalue=1.32e-147; confidence=high
Rice	`Os07g0496000` (OsRab6A1) - identity=93.3; qcov=1; evalue=2.99e-136; confidence=high
GO	GO:0003924 (GTPase activity); GO:0005525 (GTP binding)
KEGG	-
Pfam	PF00009 (GTP_EFTU); PF00025 (Arf); PF00071 (Ras); PF01926 (MMR_HSR1); PF04670 (Gtr1_RagA); PF08477 (Roc)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022135

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	1.00000	`XP_057807529.1`
2	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057807529.1`
3	Trans-golgi network	Trans-golgi network	1.00000	`XP_057807529.1`
4	Endosome	内体	1.00000	`XP_057807529.1`
5	Endosome membrane	内体膜	1.00000	`XP_057807529.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:1830751`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B131,C50
`Chr4:1833270`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr4:1833606`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807529.1

208 aa

104

208

Arf

Roc

Gtr1_RagA

Ras

MMR_HSR1

GTP_EFTU

PF00025 Arf 9-166 aa PF08477 Roc 11-125 aa PF04670 Gtr1_RagA 11-138 aa PF00071 Ras 11-169 aa PF01926 MMR_HSR1 12-119 aa PF00009 GTP_EFTU 43-171 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807529.1`	Pfam	`PF00025`	Arf	Domain	9	166	6.9e-15	55.7	ADP-ribosylation factor family
`XP_057807529.1`	Pfam	`PF08477`	Roc	Domain	11	125	1.1e-37	129.6	Ras of Complex, Roc, domain of DAPkinase
`XP_057807529.1`	Pfam	`PF04670`	Gtr1_RagA	Domain	11	138	5.2e-05	23.5	Gtr1/RagA G protein conserved region
`XP_057807529.1`	Pfam	`PF00071`	Ras	Domain	11	169	3.2e-58	196.6	Ras family
`XP_057807529.1`	Pfam	`PF01926`	MMR_HSR1	Family	12	119	0.00012	22.9	50S ribosome-binding GTPase
`XP_057807529.1`	Pfam	`PF00009`	GTP_EFTU	Domain	43	171	1.6e-07	31.8	Elongation factor Tu GTP binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951546.1
TATATATTTGTGTATAATTTTTGTAACAATATTTTTGTCCATACACTTTTCCATTACTTCACGCGCTGAAAGCCTGAAACACGGAGCGACTCCTTCGTTTCGAAATTACAAACGCGCAAATCTATTGCTTTCACCGCATCGATATCTCGGGCAAATCCTCATTTTGCGGCGAGATCGGAAGCTTTCTCCGTCGGAAAGAGAGTAGCTGATTCAGACTCCGAAGAGGTGATCTGCCTTTTGTTTGTTTCGGTTGACCTGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022135
ATGGCTCCGGTTTCGGCTCTCGCCAAGTACAAGTTAGTGTTCCTGGGAGATCAGTCCGTCGGAAAAACGAGTATCATCACTCGGTTTATGTACGACAAATTCGATAATACTTATCAGGCAACTATTGGTATTGATTTTCTTTCAAAGACAATGTATCTTGAAGACCGGACTGTACGATTACAGCTGTGGGATACTGCTGGACAAGAAAGATTTAGAAGTCTCATACCAAGCTATATAAGGGATTCCTCTGTTGCAGTCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807529.1
MAPVSALAKYKLVFLGDQSVGKTSIITRFMYDKFDNTYQATIGIDFLSKTMYLEDRTVRLQLWDTAGQERFRSLIPSYIRDSSVAVIVYDVASRQSFLNTAKWIEEVRTERGSDVIIVLVGNKTDLVDKRQVSIEEAEAKARDFSVMFIETSAKAGFNIKALFRKIAAALPGMETLSSTKQDEMVDVNLKSSNANASQSQQQSGGCAC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器