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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000210

染色体: Chr04 坐标: 1866876-1871753 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000210
名称SmilChr04G000210
描述phragmoplastin DRP1E-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向1866876 - 1871753 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022139
GeneID131022139
locus_tag-
NCBI NameLOC131022139
原始查询LOC131022139

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phragmoplastin DRP1E-like
产物phragmoplastin DRP1E-like
ArabidopsisAT3G60190 (DL1E)
DYNAMIN-like 1E [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825189]
identity=78.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0567800 (OsDRP1C)
-
identity=77.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003924 (GTPase activity); GO:0005525 (GTP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005874 (microtubule); GO:0008017 (microtubule binding); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF00350 (Dynamin_N); PF01031 (Dynamin_M); PF02212 (GED)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022139

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057807532.1
2 Phragmoplast Phragmoplast 0.60000 XP_057807532.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057807532.1
4 Endocytic vesicle Endocytic vesicle 0.40000 XP_057807532.1
5 Clathrin-coated vesicle Clathrin-coated vesicle 0.40000 XP_057807532.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:1867306 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B65,B9,C4,C54,C58
Chr4:1869118 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr4:1869290 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B115,B128,C45
Chr4:1869883 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B23,B83
Chr4:1870561 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr4:1870987 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B71,C33,C62
Chr4:1871008 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B140,B65,C5,D4
Chr4:1871032 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,B76,C10,C80,C85
Chr4:1871098 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B56,B7,B85,B96
Chr4:1871168 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B126,C20,C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807532.1
635 aa
N
1
318
635
Dynamin_N
Dynamin_M
GED
C
PF00350 Dynamin_N 41-217 aa PF01031 Dynamin_M 225-492 aa PF02212 GED 539-631 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807532.1 Pfam PF00350 Dynamin_N Domain 41 217 5.7e-57 193.1 Dynamin family
XP_057807532.1 Pfam PF01031 Dynamin_M Family 225 492 6.1e-61 206.8 Dynamin central region
XP_057807532.1 Pfam PF02212 GED Family 539 631 4.6e-24 85.1 Dynamin GTPase effector domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951549.1
AACACCATTGGACCCTTCCTTTTTCCTTACCAATTTTCCTAAGTAAACAAACACCACCGGCGCATTTTAGCACAACCCCCTCGCAATATTACTATCGCCACACGCCTTTGCATAAAGTTTGAAAATTCCCGGTCCATCCTTCCGTCTCTCTCTCTTTGAATTCTCTCTCCCAGTTTCTGCTCCAATTGTTTCTTCTTCCTATTTCTGTTGCTTATGCTCTAAGTTTCGGTAATTTCCCCAGCTTGAATTTCCTCTTTTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022139
ATGGCGACTATGGGGAGCTTGATTGGACTGGTGAACAGAATACAGAGGGCCTGCACTGCTCTCGAAGACTACGGCGGCGACCAGCAGGCCTTCTCTTCTCTGTGGGACGCTCTCCCCTCCGTCGCCGTCGTTGGTGGTCAGAGTTCGGGAAAGTCATCCGTGTTGGAGAGCATCGTTGGACGAGATTTTCTTCCTCGAGGCTCCGGCATCGTTACGCGGCGACCTCTGGTGTTGCAACTGCAGCATATTGAAGAAGGGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807532.1
MATMGSLIGLVNRIQRACTALEDYGGDQQAFSSLWDALPSVAVVGGQSSGKSSVLESIVGRDFLPRGSGIVTRRPLVLQLQHIEEGQEEYAEFGHLPQRRFTDFSLVRKEIQDETDRVTGKTKQISPIPIHLSIYSPHVVNLTLIDLPGLTKVAVEGQPDSVVEDIENMVRSYVEKPNCIILAISPANQDIATSDAIKLSREVDPSGDRTFGVLTKLDLMDKGTNALEVLEGRSYRLQQPWVGIVNRSQADINKQVDMMA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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