当前解析结果
SmilChr04G000210| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000210 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000210 |
| 描述 | phragmoplastin DRP1E-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 1866876 - 1871753 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131022139 |
|---|---|
| GeneID | 131022139 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022139 |
| 原始查询 | LOC131022139 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | phragmoplastin DRP1E-like |
| 产物 | phragmoplastin DRP1E-like |
| Arabidopsis | AT3G60190 (DL1E)DYNAMIN-like 1E [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825189] identity=78.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os10g0567800 (OsDRP1C)- identity=77.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0003924 (GTPase activity); GO:0005525 (GTP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005874 (microtubule); GO:0008017 (microtubule binding); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00350 (Dynamin_N); PF01031 (Dynamin_M); PF02212 (GED) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022139 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057807532.1 |
| 2 | Phragmoplast | Phragmoplast | 0.60000 | XP_057807532.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057807532.1 |
| 4 | Endocytic vesicle | Endocytic vesicle | 0.40000 | XP_057807532.1 |
| 5 | Clathrin-coated vesicle | Clathrin-coated vesicle | 0.40000 | XP_057807532.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:1867306 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B65,B9,C4,C54,C58 |
Chr4:1869118 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B4 |
Chr4:1869290 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B101,B115,B128,C45 |
Chr4:1869883 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B23,B83 |
Chr4:1870561 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B4 |
Chr4:1870987 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B71,C33,C62 |
Chr4:1871008 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B140,B65,C5,D4 |
Chr4:1871032 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A16,B76,C10,C80,C85 |
Chr4:1871098 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B56,B7,B85,B96 |
Chr4:1871168 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B126,C20,C71 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057807532.1PF00350
Dynamin_N 41-217 aa
PF01031
Dynamin_M 225-492 aa
PF02212
GED 539-631 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057807532.1 |
Pfam | PF00350 |
Dynamin_N | Domain | 41 | 217 | 5.7e-57 | 193.1 | Dynamin family |
XP_057807532.1 |
Pfam | PF01031 |
Dynamin_M | Family | 225 | 492 | 6.1e-61 | 206.8 | Dynamin central region |
XP_057807532.1 |
Pfam | PF02212 |
GED | Family | 539 | 631 | 4.6e-24 | 85.1 | Dynamin GTPase effector domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。