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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000211

染色体: Chr04 坐标: 1871736-1873611 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000211
名称SmilChr04G000211
描述haloacid dehalogenase-like hydrolase domain-containing protein Sgpp
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向1871736 - 1873611 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022140
GeneID131022140
locus_tag-
NCBI NameLOC131022140
原始查询LOC131022140

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述haloacid dehalogenase-like hydrolase domain-containing protein Sgpp
产物haloacid dehalogenase-like hydrolase domain-containing protein Sgpp
ArabidopsisAT2G38740 (AT2G38740)
Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818456]
identity=59.1; qcov=0.812; evalue=4.27e-76; confidence=high
RiceOs09g0407700
-
identity=58.4; qcov=0.83; evalue=7.75e-78; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00702 (Hydrolase); PF12710 (HAD); PF13419 (HAD_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022140

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057807533.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057807533.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057807533.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807533.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807533.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:1872009 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C5
Chr4:1872009 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 C5
Chr4:1872019 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B29,B36,C2
Chr4:1872089 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B95
Chr4:1872232 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C20,D2
Chr4:1872400 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B119,C13,C55,C76
Chr4:1872433 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr4:1872828 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr4:1873014 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C20,D2
Chr4:1873242 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B126,C20,C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807533.1
278 aa
N
1
139
278
Hydrolase
HAD
HAD_2
C
PF00702 Hydrolase 49-228 aa PF12710 HAD 51-179 aa PF13419 HAD_2 51-233 aa
XP_057807534.1
229 aa
N
1
114
229
Hydrolase
HAD
HAD_2
C
PF00702 Hydrolase 49-214 aa PF12710 HAD 51-179 aa PF13419 HAD_2 51-214 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807533.1 Pfam PF00702 Hydrolase Domain 49 228 5.7e-24 86.3 haloacid dehalogenase-like hydrolase
XP_057807533.1 Pfam PF12710 HAD Family 51 179 1.3e-06 29.7 haloacid dehalogenase-like hydrolase
XP_057807533.1 Pfam PF13419 HAD_2 Family 51 233 4.5e-29 102.4 Haloacid dehalogenase-like hydrolase
XP_057807534.1 Pfam PF00702 Hydrolase Domain 49 214 1.9e-19 71.5 haloacid dehalogenase-like hydrolase
XP_057807534.1 Pfam PF12710 HAD Family 51 179 1.1e-06 29.9 haloacid dehalogenase-like hydrolase
XP_057807534.1 Pfam PF13419 HAD_2 Family 51 214 6.4e-23 82.4 Haloacid dehalogenase-like hydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951550.1
ATAATATTCCAATCCTGTCTAAAAAGAATATATTCTAATTCTGTCTAAAAAAAATTAATATTCCAATTCCAATATTTAGATGGGCGGGGTGATGTGACATTAACGTTGGTTGAAACTGCGACATTGTAGACCACGGGAATTCCTTGAGGATCTCATCTGCCTTCCCTAATCCTTCATTGCATCGACTTCGATTCTCTGCTCTGCTCCTTCACACACCTCACACACTAAACATTCGAATACCATTTGGCTGCATAGTTATG...
XM_057951551.1
GGGCGGGGTGATGTGACATTAACGTTGGTTGAAACTGCGACATTGTAGACCACGGGAATTCCTTGAGGATCTCATCTGCCTTCCCTAATCCTTCATTGCATCGACTTCGATTCTCTGCTCTGCTCCTTCACACACCTCACACACTAAACATTCGAATACCATTTGGCTGCATAGTTATGCCGGCGCTTCAGCTTTTCTCCCCTTTTCTCCCAAAGCTTCCATTTTTCTGCACACTAAATCTTTCTGCTCCTCCCGCCTTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131022140
ATGCCGGCGCTTCAGCTTTTCTCCCCTTTTCTCCCAAAGCTTCCATTTTTCTGCACACTAAATCTTTCTGCTCCTCCCGCCTTTTCTTTTCGGATGTCTTCCTCCACGCCAAGGTGCTCCTCACTTGCATCGGTTGCTCCGCTCGAAGCAATCCTATTTGACATTGATGGAACACTAGCTGATTCGGATCCTATCCATTACTACGCATTTAGAGAAATGCTTCAAGAGCTAGGATTCAATGGAGGAGACCCCATAACTGA...
LOC131022140
ATGCCGGCGCTTCAGCTTTTCTCCCCTTTTCTCCCAAAGCTTCCATTTTTCTGCACACTAAATCTTTCTGCTCCTCCCGCCTTTTCTTTTCGGATGTCTTCCTCCACGCCAAGGTGCTCCTCACTTGCATCGGTTGCTCCGCTCGAAGCAATCCTATTTGACATTGATGGAACACTAGCTGATTCGGATCCTATCCATTACTACGCATTTAGAGAAATGCTTCAAGAGCTAGGATTCAATGGAGGAGACCCCATAACTGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057807533.1
MPALQLFSPFLPKLPFFCTLNLSAPPAFSFRMSSSTPRCSSLASVAPLEAILFDIDGTLADSDPIHYYAFREMLQELGFNGGDPITEEFFINNISGKHNEELCHVLFPDWDLERARKFFDDKEAMFRRLAAEQTEPVAGLDALCRWVEDKGLRRAAVTNAPRANAEMLISLLGLEEFFELLVIGNECERPKPFPDPYLNALQGLGVSADHAFVFEDSVSGIKAGMAAGMPVVGLALRNPESLLTGAGAAMVIEDYTESKL...
XP_057807534.1
MPALQLFSPFLPKLPFFCTLNLSAPPAFSFRMSSSTPRCSSLASVAPLEAILFDIDGTLADSDPIHYYAFREMLQELGFNGGDPITEEFFINNISGKHNEELCHVLFPDWDLERARKFFDDKEAMFRRLAAEQTEPVAGLDALCRWVEDKGLRRAAVTNAPRANAEMLISLLGLEEFFELLVIGNECERPKPFPDPYLNALQGLGVSADHAFVFELSIPMFCLRILCLE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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