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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000233

染色体: Chr04 坐标: 2072752-2073555 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000233
名称SmilChr04G000233
描述uncharacterized SmilChr04G000233
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向2072752 - 2073555 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022162
GeneID131022162
locus_tag-
NCBI NameLOC131022162
原始查询LOC131022162

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820175]; symbol=AT3G10120; hit=AT3G10120; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820175]; symbol=AT3G10120; hit=AT3G10120; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G10120 (AT3G10120)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820175]
identity=29.6; qcov=1.37; evalue=3.31e-12; confidence=low
RiceOs11g0153000
-
identity=33.8; qcov=1.04; evalue=1.04e-11; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022162

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057807570.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057807570.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057807570.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807570.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807570.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:2073079 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 28 A20,B112,B117,B119,B121,B13,B134,B135,B16,B28,B36,B4,B40,B45,B47,B50,B58,B64,B73,B75,C11,C17,C55,C57,C7,C73,C79,D10
Chr4:2073215 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 27 A2,A23,A4,B1,B10,B109,B110,B140,B15,B3,B30,B54,B71,B88,B97,C13,C14,C23,C36,C43,C55,C62,C65,C71,C76,D10,D9
Chr4:2073450 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951587.1
CATGACTCTGCCCATATAAATACCACAACCACCTTAGCTTAAATTGAAAATCCAAATTTGCACTGATCATATTCCTAAAAAAACTTGTTGTCTCATAACAATGGGGAACTGCCTAGTTCTTCAAGAAAAGGTGATGAAAACAGATGGTGAAATTCTAGAACACCTGTTAGTAAAAAACATGCATCCAAATGCTCAAGTGCTTCAAAACAACTTACACTTTTCTATAAAGACGACGACAAAGAAGAAGGCAGTTCGATTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022162
ATGGGGAACTGCCTAGTTCTTCAAGAAAAGGTGATGAAAACAGATGGTGAAATTCTAGAACACCTGTTAGTAAAAAACATGCATCCAAATGCTCAAGTGCTTCAAAACAACTTACACTTTTCTATAAAGACGACGACAAAGAAGAAGGCAGTTCGATTCTCAGACAAAGTATTAATGGAAGGCGGAGATGAAGCAAGTCGAGTTGTGAGGATCAAGCTTGTGATCAGCAAGAAAGAGCTGCAGGAAATGCTAAGTGAAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807570.1
MGNCLVLQEKVMKTDGEILEHLLVKNMHPNAQVLQNNLHFSIKTTTKKKAVRFSDKVLMEGGDEASRVVRIKLVISKKELQEMLSEGEISVDGMILKVQNQETTSKVESNDRDGVIAKGWFPALESIPEIN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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