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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000247`

染色体: Chr04 坐标: 2231171-2232626 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000247`
名称	SmilChr04G000247
描述	50S ribosomal protein L3, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	2231171 - 2232626 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022170`
GeneID	`131022170`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022170`
原始查询	`LOC131022170`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	50S ribosomal protein L3, chloroplastic
产物	50S ribosomal protein L3%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT2G43030` (AT2G43030) Ribosomal protein L3 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818905] identity=80.9; qcov=0.833; evalue=5.62e-132; confidence=high
Rice	`Os02g0137200` - identity=78.3; qcov=0.819; evalue=2.69e-127; confidence=high
GO	GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation); GO:0009941 (chloroplast envelope)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00297 (Ribosomal_L3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022170

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057807581.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057807581.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807581.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807581.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057807581.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:2231336`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B57,B6,C38,C67
`Chr4:2231365`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A3,C50
`Chr4:2231395`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C10,C58,C78
`Chr4:2231409`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A3,C50
`Chr4:2231431`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:2232040`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A3,C50
`Chr4:2232097`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C10
`Chr4:2232097`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C10
`Chr4:2232099`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C10
`Chr4:2232178`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B111
`Chr4:2232204`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B37
`Chr4:2232204`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807581.1

276 aa

138

276

Ribosomal_L3

PF00297 Ribosomal_L3 155-242 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807581.1`	Pfam	`PF00297`	Ribosomal_L3	Family	155	242	2e-17	64.0	Ribosomal protein L3

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951598.1
GAGAATCATAGAGCATTGCACCGGAAAGCAGAGAAGCAGTTGGCTTCTGCAACTCATTCTCGGCTCTTTAAACTGGAGGGAGTGGATAAGAAAACTGCTCTCTGTCTCTCTCTATCACAATGTCAATCTCTTCTCTCTCCACAACCATCCCCACCTCCAAGCTCTTCTCCACCTCCGCCGCCTCCTCCACCCCCTCCTCTTCCTTCCTACTCCGCCTCCCCTTGAAGCGCTTCTCCTCTCTCTCTCTCAATGCTTCCCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022170
ATGTCAATCTCTTCTCTCTCCACAACCATCCCCACCTCCAAGCTCTTCTCCACCTCCGCCGCCTCCTCCACCCCCTCCTCTTCCTTCCTACTCCGCCTCCCCTTGAAGCGCTTCTCCTCTCTCTCTCTCAATGCTTCCCCCTCCAAACCCCTGCCCATTTCCGCCTCAATGGAGGCTGGAATCGGTCTTATGGGTACCAAATTAGGCATGATGTCGTACTTCGACACTACAGGCCAAGTAATTCCGGTCACCATCGTCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807581.1
MSISSLSTTIPTSKLFSTSAASSTPSSSFLLRLPLKRFSSLSLNASPSKPLPISASMEAGIGLMGTKLGMMSYFDTTGQVIPVTIVGFREGNIVTQVKTKATDGYDAVQVGYRRVRDRKLTKPELGHLEKSGIIPLRHLQEFRLQSIEGFEPNQRLALEELFKEGDFVDVSGTTIGKGFQGGIKRHNFKRGPMTHGSKSHRQLGSIGAGTTPGRVYPGKKMPGRMGGTKTKIRKLKVVKIDNELNVVMIKGAVPGKPGNL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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