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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000261

染色体: Chr04 坐标: 2384197-2391461 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000261
名称SmilChr04G000261
描述uncharacterized SmilChr04G000261
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向2384197 - 2391461 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022185
GeneID131022185
locus_tag-
NCBI NameLOC131022185
原始查询LOC131022185

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022185

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057807600.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807600.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807600.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057807600.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057807600.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:2389915 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C77
Chr4:2389919 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:2389971 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B49,C34,C79,D7
Chr4:2389973 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B59,B9,C75
Chr4:2389999 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,A9,B11,B66
Chr4:2390000 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr4:2390087 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B39,B80
Chr4:2390092 CCT C 2bp_deletion frameshift_variant 13 B12,B2,B4,B47,B64,B99,C19,C46,C56,C65,C71,C87,D3
Chr4:2390111 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr4:2390121 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B100,B71,B98,C33,C62
Chr4:2390122 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr4:2390159 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 53 A14,A16,A19,A2,A22,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B110,B113,B134,B137,B140,B18,B20,B21,B28,B33,B35,B43,B5,B59,B67,B79,B83,B85,B99,C11,C23,C24,C25,C32,C4,C40,C45,C5,C55,C57,C58,C61,C65,C67,C68,C7,C70,C79,C83,C86,C87,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951617.1
ATTTAATAAAAATAAGGCCCGCCCCTCTCTACTCTCTTCTTCTTCATCAACAAACACACGCACACAGCCCTCACGCAGTCGCGGCCTCTGTTTGATTTCGCCTGCTCTCCTTTGGCTCGACAAAGAGAAAAAGTATAATAATGGTGGCAAAATCGAAGGATCATGATTGGATCCCATTGACGCCTAAGGTCAAAACTGCTTCAAATCGTCGTAAAAAATCGACAGGAAAAGCAGACACCACGAGAATGAAAGGCGGAGCT...
XM_057951618.1
ATTTAATAAAAATAAGGCCCGCCCCTCTCTACTCTCTTCTTCTTCATCAACAAACACACGCACACAGCCCTCACGCAGTCGCGGCCTCTGTTTGATTTCGCCTGCTCTCCTTTGGCTCGACAAAGAGAAAAAGTATAATAATGGTGGCAAAATCGAAGGATCATGATTGGATCCCATTGACGCCTAAGGTCAAAACTGCTTCAAATCGTCGTAAAAAATCGACAGGAAAAGCAGACACCACGAGAATGAAAGGCGGAGCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131022185
ATGGTGGCAAAATCGAAGGATCATGATTGGATCCCATTGACGCCTAAGGTCAAAACTGCTTCAAATCGTCGTAAAAAATCGACAGGAAAAGCAGACACCACGAGAATGAAAGGCGGAGCTTCAAAAAAGCCCAAGATTTTGAAGAAGAGAAGACAAGTGCGGAAGAGGATTTCGTCGAACAAGTTAGCCGAGCTGACAAGAGTGGTTCGCGACATTGAAAAACACACGTGCACTACTCTCAACTCATCTTGGATGAATGC...
LOC131022185
ATGGTGGCAAAATCGAAGGATCATGATTGGATCCCATTGACGCCTAAGGTCAAAACTGCTTCAAATCGTCGTAAAAAATCGACAGGAAAAGCAGACACCACGAGAATGAAAGGCGGAGCTTCAAAAAAGCCCAAGATTTTGAAGAAGAGAAGACAAGTGCGGAAGAGGATTTCGTCGAACAAGTTAGCCGAGCTGACAAGAGTGGTTCGCGACATTGAAAAACACACGTGCACTACTCTCAACTCATCTTGGATGAATGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057807600.1
MVAKSKDHDWIPLTPKVKTASNRRKKSTGKADTTRMKGGASKKPKILKKRRQVRKRISSNKLAELTRVVRDIEKHTCTTLNSSWMNAKKERSNTFIRRKDFKSGFAAHIIGVQDHTEDKVVVSCHGNTENHTQSEEDITSKDKDFDMDASTHKMDCDGANTHDQNDCAAIVTNNDVLFSSFSMPPPSSEKVDCHGINNSVILEAQQVVVNETNGREMAVAEVKDVA
XP_057807601.1
MVAKSKDHDWIPLTPKVKTASNRRKKSTGKADTTRMKGGASKKPKILKKRRQVRKRISSNKLAELTRVVRDIEKHTCTTLNSSWMNAKKERSNTFIRRKDFKSGFAAHIIGVQDHTEDKVVVSCHGNTENHTQSEEDITSKDKDFDMDASTHKMDCDGANTHDQNDCAAIVTNNDVLFSSFSMPPPSSEKVDCHGINNSVILEAQQVVVNETKEMAVAEVKDVA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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