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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000267

染色体: Chr04 坐标: 2426574-2430068 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000267
名称SmilChr04G000267
描述uncharacterized SmilChr04G000267
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向2426574 - 2430068 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022188
GeneID131022188
locus_tag-
NCBI NameLOC131022188
原始查询LOC131022188

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述SPT2 chromatin protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816802]; symbol=AT2G22720; hit=AT2G22720; species=arabidopsis; confidence=low
产物SPT2 chromatin protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816802]; symbol=AT2G22720; hit=AT2G22720; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G22720 (AT2G22720)
SPT2 chromatin protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816802]
identity=48.4; qcov=0.305; evalue=3.02e-20; confidence=low
RiceOs02g0664400
-
identity=29.2; qcov=0.94; evalue=1.32e-15; confidence=low
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0005730 (nucleolus); GO:0006334 (nucleosome assembly); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0042393 (histone binding)
KEGGsmil00500 (Starch and sucrose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF08243 (SPT2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022188

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057807605.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057807605.1
3 Nuclear speckle 核斑点 0.60000 XP_057807605.1
4 Nuclear body 核内小体 0.40000 XP_057807607.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807606.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:2426880 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 1 C10
Chr4:2426880 G GA 1bp_insertion CDS_variant 1 C10
Chr4:2426941 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,C51
Chr4:2427242 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,C33
Chr4:2427298 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,C33
Chr4:2427582 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr4:2427607 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:2427708 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B74,C28,C57,C61
Chr4:2427802 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,B58
Chr4:2427961 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B132,B5
Chr4:2428112 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B112
Chr4:2428389 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B126,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807605.1
478 aa
N
1
239
478
SPT2
C
PF08243 SPT2 377-427 aa
XP_057807606.1
462 aa
N
1
231
462
SPT2
C
PF08243 SPT2 377-454 aa
XP_057807607.1
419 aa
N
1
210
419
SPT2
C
PF08243 SPT2 318-368 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807605.1 Pfam PF08243 SPT2 Domain 377 427 2.4e-09 38.4 SPT2 chromatin protein
XP_057807606.1 Pfam PF08243 SPT2 Domain 377 454 3.8e-17 63.5 SPT2 chromatin protein
XP_057807607.1 Pfam PF08243 SPT2 Domain 318 368 1e-09 39.6 SPT2 chromatin protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951623.1
GCCACGCATAGCGTGGGTTATATAAACTAGTTCCACGCTAATTCTCACCCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCATCTCTCTCTCCAATCACCGATTCTCACACTACCGCGTCCTCATCTCTGTAGATTTTCTTCGCTCCTCTAGCTCTAATTAAGGATTGGGGATGCAAGTATTGTGAGTGACCAGAATCTATATTTTCTGCTGTTATCTAGCAATTGATTAGAGCAATGCGAGGGTATGAAAAAGATGAGTACGAAGACTG...
XM_057951622.1
GCCACGCATAGCGTGGGTTATATAAACTAGTTCCACGCTAATTCTCACCCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCATCTCTCTCTCCAATCACCGATTCTCACACTACCGCGTCCTCATCTCTGTAGATTTTCTTCGCTCCTCTAGCTCTAATTAAGGATTGGGGATGCAAGTATTGTGAGTGACCAGAATCTATATTTTCTGCTGTTATCTAGCAATTGATTAGAGCAATGCGAGGGTATGAAAAAGATGAGTACGAAGACTG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131022188
ATGCGAGGGTATGAAAAAGATGAGTACGAAGACTGGGATGAGTATGAGGAAGATGGAGAGGAGCAAGAAGAGGAAGAAGGTGGTGATGATGGTTATGATGAAGTTCATCAGCCCACCCAGGAGGAGTTGGATTATCTTGCTATCAGGCAAAAGTTAAAAGAAAAAATCAGAAAGAAGATGATGAAGGATGCAAGGACTGCAAACCCTAGTTCCCGTGACAAAGTGAATGCATCACGAAAAGACAACTATGGTTCTTTCTT...
LOC131022188
ATGCGAGGGTATGAAAAAGATGAGTACGAAGACTGGGATGAGTATGAGGAAGATGGAGAGGAGCAAGAAGAGGAAGAAGGTGGTGATGATGGTTATGATGAAGTTCATCAGCCCACCCAGGAGGAGTTGGATTATCTTGCTATCAGGCAAAAGTTAAAAGAAAAAATCAGAAAGAAGATGATGAAGGATGCAAGGACTGCAAACCCTAGTTCCCGTGACAAAGTGAATGCATCACGAAAAGACAACTATGGTTCTTTCTT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057807605.1
MRGYEKDEYEDWDEYEEDGEEQEEEEGGDDGYDEVHQPTQEELDYLAIRQKLKEKIRKKMMKDARTANPSSRDKVNASRKDNYGSFFGPSQPVIAQRVIQESKSLLENPELAARFCKTSHKEKKSFVSAPVSSKPQANRPPSIKKKVEMLKNTRDYSFLLSEDAEVPSSTKGPPPRNVSAPKSDARSAESIPRSRPVVNGREREVSSGRDGRKPMLPCSQSKSTVGMDKLAQTKKPSTESRKQFGNNSGSGPSGPGRPLG...
XP_057807606.1
MRGYEKDEYEDWDEYEEDGEEQEEEEGGDDGYDEVHQPTQEELDYLAIRQKLKEKIRKKMMKDARTANPSSRDKVNASRKDNYGSFFGPSQPVIAQRVIQESKSLLENPELAARFCKTSHKEKKSFVSAPVSSKPQANRPPSIKKKVEMLKNTRDYSFLLSEDAEVPSSTKGPPPRNVSAPKSDARSAESIPRSRPVVNGREREVSSGRDGRKPMLPCSQSKSTVGMDKLAQTKKPSTESRKQFGNNSGSGPSGPGRPLG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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