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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000276`

染色体: Chr04 坐标: 2535029-2539124 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000276`
名称	SmilChr04G000276
描述	E3 ubiquitin-protein ligase RZF1-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	2535029 - 2539124 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022195`
GeneID	`131022195`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022195`
原始查询	`LOC131022195`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	E3 ubiquitin-protein ligase RZF1-like
产物	E3 ubiquitin-protein ligase RZF1-like
Arabidopsis	`AT3G60080` (AT3G60080) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825178] identity=37.1; qcov=0.677; evalue=1.13e-30; confidence=medium
Rice	`Os03g0351800` (OsRFP) - identity=53.1; qcov=0.33; evalue=3.23e-23; confidence=low
GO	GO:0005737 (cytoplasm); GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF12678 (zf-rbx1); PF12861 (zf-ANAPC11); PF13445 (zf-RING_UBOX); PF13639 (zf-RING_2); PF13923 (zf-C3HC4_2); PF14369 (Zn_ribbon_19); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022195

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057807614.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057807614.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057807614.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807614.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807614.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:2535316`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B129,C78
`Chr4:2535367`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B111
`Chr4:2535453`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B83
`Chr4:2535454`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B83
`Chr4:2535481`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807614.1

291 aa

146

291

Zn_ribbon_19

zf-rbx1

zf-RING_2

zf-ANAPC11

zf-RING_11

zf-RING_UBOX

zf-C3HC4

zf-C3HC4_2

PF14369 Zn_ribbon_19 18-51 aa PF12678 zf-rbx1 131-175 aa PF13639 zf-RING_2 133-175 aa PF12861 zf-ANAPC11 133-177 aa PF17123 zf-RING_11 134-161 aa PF13445 zf-RING_UBOX 134-172 aa PF00097 zf-C3HC4 134-174 aa PF13923 zf-C3HC4_2 134-174 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807614.1`	Pfam	`PF14369`	Zn_ribbon_19	Domain	18	51	1.3e-11	45.2	zinc-ribbon
`XP_057807614.1`	Pfam	`PF12678`	zf-rbx1	Domain	131	175	1.1e-09	39.0	RING-H2 zinc finger domain
`XP_057807614.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	133	175	5.4e-13	49.7	Ring finger domain
`XP_057807614.1`	Pfam	`PF12861`	zf-ANAPC11	Domain	133	177	1.1e-05	26.0	Anaphase-promoting complex subunit 11 RING-H2 finger
`XP_057807614.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	134	161	4.8e-07	30.1	RING-like zinc finger
`XP_057807614.1`	Pfam	`PF13445`	zf-RING_UBOX	Domain	134	172	4.5e-06	27.3	RING-type zinc-finger
`XP_057807614.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	134	174	1.5e-08	35.0	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057807614.1`	Pfam	`PF13923`	zf-C3HC4_2	Domain	134	174	1.1e-09	38.6	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951631.1
CTTCCCTACGTACCGTGACGAAACGTTAGGCCTAACCCCACTTTAGCTCCGTCTCTGAACCAAACTCACAACACCCAATCCCTATCCACCCACCGCAATTCCCAATCCCTCCGCCGCCGCGCTATGTCAGCCTCCCCCTCCACCGTGGTGCCCCGCCTCTTCTACCACCCGGCCTACTGGTGCCACTCCTGCGACATGAGTATCGGCCTCCCCCCCTCCCCCACCCCCAACGCCCTCCTCTGCCCCCACTGTCACCGCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022195
ATGTCAGCCTCCCCCTCCACCGTGGTGCCCCGCCTCTTCTACCACCCGGCCTACTGGTGCCACTCCTGCGACATGAGTATCGGCCTCCCCCCCTCCCCCACCCCCAACGCCCTCCTCTGCCCCCACTGTCACCGCGACTCCCTCGAGCAGATGGATATGGACGACGCCGCCGCCCCCTCCCTGCCTCCCCCGCGCAGCCCCTTCGACCACACCTCCGCCGCCGCCTTTACCCCCTCCGACGACAATTTCCTCCTCACTAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807614.1
MSASPSTVVPRLFYHPAYWCHSCDMSIGLPPSPTPNALLCPHCHRDSLEQMDMDDAAAPSLPPPRSPFDHTSAAAFTPSDDNFLLTSPYLHRLIHHLTTAADAGNPRSDPAPRSSIDSLKEVTITADSDASMLCPVCKDPFVVESVVKVMPCKHTYHSDCIVPWLEINNSCPVCRYKLPAVEERTAENEGEGYVGSVRLEELVDDEVDLYGFRNTLRHIARRHRWNDEGNIGSGSEGNLFSPTQIGEVERGDGVLERENS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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