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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000277

染色体: Chr04 坐标: 2540023-2543906 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000277
名称SmilChr04G000277
描述protein TIC 20-I, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向2540023 - 2543906 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022196
GeneID131022196
locus_tag-
NCBI NameLOC131022196
原始查询LOC131022196

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein TIC 20-I, chloroplastic-like
产物protein TIC 20-I%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT1G04940 (Tic20-I)
translocon at the inner envelope membrane of chloroplasts 20 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839374]
identity=72.9; qcov=0.942; evalue=1.57e-129; confidence=high
RiceOs07g0568500 (OJ1092_A07.131)
-
identity=48.1; qcov=0.682; evalue=1.63e-58; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF16166 (TIC20)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022196

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057807615.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 1.00000 XP_057807615.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057807615.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807615.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807615.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:2541662 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr4:2543114 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B113,B137,B69
Chr4:2543181 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B82,C28,C9,D2
Chr4:2543405 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B29
Chr4:2543420 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr4:2543567 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B65,B77,D11
Chr4:2543585 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807615.1
274 aa
N
1
137
274
TIC20
C
PF16166 TIC20 94-267 aa
XP_057807616.1
274 aa
N
1
137
274
TIC20
C
PF16166 TIC20 94-267 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807615.1 Pfam PF16166 TIC20 Family 94 267 8.7e-73 244.7 Chloroplast import apparatus Tic20-like
XP_057807616.1 Pfam PF16166 TIC20 Family 94 267 8.7e-73 244.7 Chloroplast import apparatus Tic20-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951633.1
AAAAAAAAATTCCTTCGACTACTACCCCCCTTCACGTCCCCTTACCCAATTTCCCAACTGCCGCCCCCTTCCCCATCCGAACCCCGCCGTCCCTCTGTTCCTACACTTAAGCTCGTCGACTTCAGTTCTGTGGAGGTCTTGAGTATTGCTGTGAAAACTAATGATACATAAAATTGGTGTTGGTGGCCACGGCAAAATCGGCAGTGCGAGGTCTAGGCGAGGAAGATTTTAGCTTTACCCACACCCCCTTATCCCTACTC...
XM_057951632.1
TCGACTACTACCCCCCTTCACGTCCCCTTACCCAATTTCCCAACTGCCGCCCCCTTCCCCATCCGAACCCCGCCGTCCCTCTGTTCCTACACTTAAGCTCGTCGACTTCAGTTCTGTGGAGGTCTTGAGTATTGCTGTGAAAACTAATGATACATAAAATTGGTGTTGGTGGCCACGGCAAAATCGGCAGTGCGAGGTCTAGGCGAGGAAGATTTTAGCTTTACCCACACCCCCTTATCCCTACTCTACTCCCAGCGTGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131022196
ATGAATCTTAGTGGGAGTTGTCTGAATTCTGGGGTTTCGAGTTTACTCCCTTACAACAGAAATCCATATACTCTCAGAACAAGTTCGAGAATTTCAAGCATTCAACCCGCACACAGAAACATTGAGTCTTTTAATTATAGAAGCTCCAGGCGACCTCTTCCTGAAATTAAATCATCGGCATCTTTAGGCATCCAGCACTTGTGTCTTTCTGCTGCATCATCACCACTCTTACATGGAGAACAAGGGAGTTTGTTTCATAC...
LOC131022196
ATGAATCTTAGTGGGAGTTGTCTGAATTCTGGGGTTTCGAGTTTACTCCCTTACAACAGAAATCCATATACTCTCAGAACAAGTTCGAGAATTTCAAGCATTCAACCCGCACACAGAAACATTGAGTCTTTTAATTATAGAAGCTCCAGGCGACCTCTTCCTGAAATTAAATCATCGGCATCTTTAGGCATCCAGCACTTGTGTCTTTCTGCTGCATCATCACCACTCTTACATGGAGAACAAGGGAGTTTGTTTCATAC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057807615.1
MNLSGSCLNSGVSSLLPYNRNPYTLRTSSRISSIQPAHRNIESFNYRSSRRPLPEIKSSASLGIQHLCLSAASSPLLHGEQGSLFHTIPKFPTRHRQSLAARASKDVPSSYRYPAMTKKPRWWWRTLACLPYLMPLHETWMYAETAYHLHPFLEDFEFVTYPFLGALGRLPSWFLMAYFFVAYLGVVRRKEWPHFFRFHVVMGMLLEIALQVIGTVSRWMPLAVYWGKVGMHFWTAMAFAYLFTVLECIRCALAGMYSDV...
XP_057807616.1
MNLSGSCLNSGVSSLLPYNRNPYTLRTSSRISSIQPAHRNIESFNYRSSRRPLPEIKSSASLGIQHLCLSAASSPLLHGEQGSLFHTIPKFPTRHRQSLAARASKDVPSSYRYPAMTKKPRWWWRTLACLPYLMPLHETWMYAETAYHLHPFLEDFEFVTYPFLGALGRLPSWFLMAYFFVAYLGVVRRKEWPHFFRFHVVMGMLLEIALQVIGTVSRWMPLAVYWGKVGMHFWTAMAFAYLFTVLECIRCALAGMYSDV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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