Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000394`

染色体: Chr04 坐标: 4068504-4074906 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000394`
名称	SmilChr04G000394
描述	carotenoid 9,10(9',10')-cleavage dioxygenase-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	4068504 - 4074906 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022218`
GeneID	`131022218`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022218`
原始查询	`LOC131022218`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	carotenoid 9,10(9',10')-cleavage dioxygenase-like
产物	carotenoid 9%2C10(9'%2C10')-cleavage dioxygenase-like
Arabidopsis	`AT3G63520` (CCD1) carotenoid cleavage dioxygenase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825527] identity=75.5; qcov=0.962; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os12g0640600` (OsCCD1) - identity=73.2; qcov=0.967; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0009570 (chloroplast stroma); GO:0010436 (carotenoid dioxygenase activity); GO:0016121 (carotene catabolic process)
KEGG	-
Pfam	PF03055 (RPE65)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022218

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	0.80000	`XP_057807648.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057807649.1`
3	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.20000	`XP_057807648.1`
4	Mitochondrion	线粒体	0.20000	`XP_057807649.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057807648.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:4068890`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B16,B75
`Chr4:4068952`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B115,C86
`Chr4:4069632`	`CTG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B13
`Chr4:4069632`	`CTG`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B13
`Chr4:4069682`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	94	A1,A14,A16,A18,A21,A23,A4,A6,A7,A8,A9,B1,B100,B101,B108,B109,B111,B113,B117,B118,B121,B125,B126,B127,B129,B131,B135,B136,B140,B15,B17,B19,B2,B27,B36,B37,B40,B41,B45,B47,B49,B55,B58,B63,B7,B71,B74,B75,B76,B78,B80,B81,B90,B91,B92,B94,B96,B97,C17,C18,C19,C20,C21,C22,C23,C27,C28,C30,C31,C33,C36,C40,C43,C45,C46,C48,C50,C56,C62,C65,C7,C70,C73,C74,C75,C76,C77,C8,C82,C85,C87,D11,D5,D7
`Chr4:4069851`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A25,D4
`Chr4:4069859`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C30
`Chr4:4071296`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B75
`Chr4:4073046`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C32
`Chr4:4073656`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B122,B13
`Chr4:4073656`	`T`	`TG`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B122,B13
`Chr4:4074490`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807648.1

555 aa

278

555

RPE65

PF03055 RPE65 61-546 aa

XP_057807649.1

547 aa

274

547

RPE65

PF03055 RPE65 61-538 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807648.1`	Pfam	`PF03055`	RPE65	Repeat	61	546	1.3e-138	463.7	Retinal pigment epithelial membrane protein
`XP_057807649.1`	Pfam	`PF03055`	RPE65	Repeat	61	538	3.7e-140	468.8	Retinal pigment epithelial membrane protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951666.1
CAAACAACGGTTTCCATGAAAGCGCCTACTCTCTCTCATTACCCGCCATAAATGCCCAGCTGTAGAGAAGAGCTCTACTTCCAGAATATGGAGAGAACCCACGGCGGCGCATTGCTGGTGCGACCGGAGCCGAAATCCGGCCTTATTTCATCGGCGATAGACTGCTTGGAATGGGCATTTGTGAAGCTGATGCACCATCCCAAGCAGCCCTCTCCCTGTCTTTCCGGTAACTTCGCCCCCGTCGATGAGACTCATCCTCT...

XM_057951665.1
CAAACAACGGTTTCCATGAAAGCGCCTACTCTCTCTCATTACCCGCCATAAATGCCCAGCTGTAGAGAAGAGCTCTACTTCCAGAATATGGAGAGAACCCACGGCGGCGCATTGCTGGTGCGACCGGAGCCGAAATCCGGCCTTATTTCATCGGCGATAGACTGCTTGGAATGGGCATTTGTGAAGCTGATGCACCATCCCAAGCAGCCCTCTCCCTGTCTTTCCGGTAACTTCGCCCCCGTCGATGAGACTCATCCTCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131022218
ATGCCCAGCTGTAGAGAAGAGCTCTACTTCCAGAATATGGAGAGAACCCACGGCGGCGCATTGCTGGTGCGACCGGAGCCGAAATCCGGCCTTATTTCATCGGCGATAGACTGCTTGGAATGGGCATTTGTGAAGCTGATGCACCATCCCAAGCAGCCCTCTCCCTGTCTTTCCGGTAACTTCGCCCCCGTCGATGAGACTCATCCTCTCTCCGATCTCGTCGTTAGAGGAAATCTCCCGGAATGCCTCAACGGTGAGAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057807648.1
MPSCREELYFQNMERTHGGALLVRPEPKSGLISSAIDCLEWAFVKLMHHPKQPSPCLSGNFAPVDETHPLSDLVVRGNLPECLNGEIVRVGPNPKFAPVAGYHWFDGDGMVHGVRIKNGKATYVSRFVKTSRLKQEEIYGGSKFVKIGDLRGFFGLIMVTMQLLRTKLKVLDASYGNGTANTALVYHHGKLLVLGEADKPYVIRVLEDGDLQTIGMMDYDKRLSHSFTAHPKVDPLTGEMFTFGYSRTPPYITYRVISKE...

XP_057807649.1
MPSCREELYFQNMERTHGGALLVRPEPKSGLISSAIDCLEWAFVKLMHHPKQPSPCLSGNFAPVDETHPLSDLVVRGNLPECLNGEIVRVGPNPKFAPVAGYHWFDGDGMVHGVRIKNGKATYVSRFVKTSRLKQEEIYGGSKFVKIGDLRGFFGLIMVTMQLLRTKLKVLDASYGNGTANTALVYHHGKLLVLGEADKPYVIRVLEDGDLQTIGMMDYDKRLSHSFTAHPKVDPLTGEMFTFGYSRTPPYITYRVISKE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器