Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000289`

染色体: Chr04 坐标: 2690247-2693195 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000289`
名称	SmilChr04G000289
描述	O-fucosyltransferase 20-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	2690247 - 2693195 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022220`
GeneID	`131022220`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022220`
原始查询	`LOC131022220`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	O-fucosyltransferase 20-like
产物	O-fucosyltransferase 20-like
Arabidopsis	`AT2G44500` (AT2G44500) O-fucosyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819057] identity=66.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0563000` - identity=36.5; qcov=0.836; evalue=3.58e-87; confidence=medium
GO	GO:0005737 (cytoplasm)
KEGG	-
Pfam	PF10250 (O-FucT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022220

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057807651.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057807651.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807651.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807651.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057807651.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:2690698`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A25
`Chr4:2690813`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C81
`Chr4:2690865`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:2691090`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C71,D10
`Chr4:2691497`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B115,B23
`Chr4:2691518`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr4:2691994`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A1
`Chr4:2692012`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B46
`Chr4:2692295`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:2692407`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B44,D11
`Chr4:2692418`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B107,B140,B96,C23,C8
`Chr4:2692713`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B101,B7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807651.1

544 aa

272

544

O-FucT

PF10250 O-FucT 154-471 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807651.1`	Pfam	`PF10250`	O-FucT	Family	154	471	9.2e-85	286.0	GDP-fucose protein O-fucosyltransferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951668.1
AAAAGATGCTGTATTATAATGGTAAGCGTTGGAGATTAACAAACCCAAAACGCTATAAATATGTAACACACCTTTCTTGCAAACCAAAACCAAAACCAAACACAAACCAAAACGGCAGACAAATTCAAAAAAAAAGAAAAGAAATACTGACACAGAAAACGCACCACCAAACAACGCTCATCGTACTCTGCTCGGCCTCGACTTCCCGCCGCTCGCACTTTCTCTCTCTAACCAGTAACCCCCCGTCCCTATCTCTCTAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022220
ATGTGTCAAATGGCGGTGTCGAAGAGCAGCAAGAAGAAGCACCAGAGTTACATTTCGGTGCCGTCTCAGATAATCAACTCAATCTCACAATCCTCGCTGGAGTCTCTGCTGCATTCCCCCAAGAAGAAGAAGAAGAGCCGCGCCTCCAAGCTGCGAGTTCTGCTCAACAACCCAAGATTTCTCATTTTCTTGATATTTTCCATGTGCTCTCTGTGGATGCTCAAGATGTGGGCTAAATTTGATCCCATAATTCCCTTTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807651.1
MCQMAVSKSSKKKHQSYISVPSQIINSISQSSLESLLHSPKKKKKSRASKLRVLLNNPRFLIFLIFSMCSLWMLKMWAKFDPIIPFPRNPCFISRRSSLLSRGLLSSQLSVDGSEEELGEFWKQPDGMGYRPCLDFSGNYTAASGGIVQDRTKYLLVVVSGGMNQQRNQIVDAVVISRILGAALVVPILQVNVIWGDESEFSDIFDLDHFKSVLGSDVRIVNSLPSTHLMTRPVEEKRTPLHVSPEWIRSRYMRRIRRDG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器